Храм был построен в 1859 году, освящен во имя Архистратига Божия Михаила. Изначально был деревянным. В начале XIX века, примерно в 1908 году, был перенесен в центр села, обложен кирпичом и освящен заново, но уже в честь Пресятой Троицы. Отделочные работы были завершены к 1917 году, однако после революционных событий храм был закрыт. В советские годы в помещении храма располагались различные учреждения, в т.ч. кинотеатр.
В начале 1990-х годов помещение храма вернули православным. Был зарегистрирован приход, храм полностью восстановлен. В настоящее время регулярно совершаются богослужения. Храм является объектом культурного наследия областного уровня. 13 апреля 2009 года на въезде в город Красный Кут установлен и освящен Поклонный Крест. Чин его освящения совершил благочинный Южного округа, настоятель Свято-Троицкого храма города Красный Кут священник Александр Писларь в сослужении духовенства Южного благочиния.
