В 1867 году была выделена земля под скит у Иннокентьевского источника. В 1872 году заложен деревянный храм. В 1874 году была построена церковь во имя Святого Архистратига Михаила на месте Жилкинского скита, долгое время бывшего обителью святого Иннокентия Иркутского. Здесь расположены два чудодейственных целебных источника. Храм был освящён 27 июня 1876 года во имя Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил безплотных. Церковь маленькая, скитская, не предназначалась для большого количества молящихся, а лишь для немногих отшельников Вознесенского монастыря. Расположена она в начале одного из самых больших микрорайонов города, в северо-западной части на небольшой сегодня территории. Когда-то здесь были огромные угодья знаменитого Иркутского Вознесенского мужского монастыря.
Первый иркутский епископ святитель Иннокентий, проходя в Малую Елань, любил остановиться у источника, отдохнуть на берегу небольшого озерка и помолиться. Икона святителя и сегодня украшает часовню над источником, а сам источник до сих пор называется Иннокентьевским, да и вся округа, и железнодорожная станция, получившие от новой власти новые имена, в то время носили имя святителя Иннокентия.
В июне 1945 года храм был вновь открыт. Настоятелем храма был назначен Александр Доброхотов. При нем в 1948 году были построены два придела и дом для настоятелей. В 1953 году проведён капитальный ремонт всего храма. Храм изменил свою форму и крест. Храм стоит посреди небольшого кладбища, с чудом сохранившейся рощицей, а рядом новое двухэтажное здание церковно-приходской школы, построенной в 1994-1996 годах. В 1994 году возвели часовню над Иннокентьевским источником. Через три года была построена иконописная мастерская.
