Церковь Марии Магдалины в Варшаве построил в 1867–1869 годах петербургский зодчий Николай Сычев. Он решил архитектурный облик храма в византийском стиле, поэтому церковь несколько напоминает работы русского архитектора Константина Тона. Внутреннюю роспись церкви выполнил художник Василий Васильев. Он же стал автором образов в трехъярусном золоченом иконостасе.
В XIX веке при церкви действовало попечительство, церковно-приходская школа, приют, часовня и два молитвенных дома. В годы Второй мировой войны собор серьезно пострадал: бомбой разрушило центральный купол, колокола сняли немцы для переплавки на снаряды. Впоследствии церковь восстановили.
