В 1885 году в Дивеевском монастыре построили игуменский, или как называл его Батюшка, начальнический корпус. Он поставлен на том месте, где на плане, нарисованном прп. Серафимом и хранящимся в монастыре, должен быть начальнический корпус. В корпусе находились архиерейские покои, кельи игумении, казначеи, благочинной, канцелярии, библиотека и комнаты для производства искусственных цветов.
В 1902 году для болевшей игумении Марии Ушаковой в восточной части начальнического корпуса была устроена домовая церковь, вмещавшая не более 50 человек. Храм освятили в честь небесной покровительницы игумении Марии, святой равноапостольной Марии Магдалины.
В 1903 году в этом храме на литургии присутствовали Государь Император Николай II, Государыня Императрица и особы Царствующего дома, посетившие Дивеевский монастырь после торжественного прославления преподобного Серафима в Сарове. Посещение Серафимо-Дивеевской обители Царской Фамилией воспринимается как исключительно важное событие в истории монастыря. В память о нем в обновленной церкви в иконостасе помещена икона Царственных мучеников.
После закрытия монастыря церковь была разорена. В игуменском корпусе сначала разместили Дивеевский детский дом, а позже здесь были учреждения и квартиры.
Летом 1996 года отремонтирован фасад и восстановлен купол над домовой церковью во имя святой равноапостольной Марии Магдалины. 27 сентября в праздник Воздвижения Креста Господня на купол установлен крест. С 1997 года начались работы внутри церкви. В 1996 году была открыта общеобразовательная монастырская православная школа. 26 сентября 2000 года были обретены мощи преподобных Александры, Марфы и Елены Дивеевских. 22 декабря состоялось их прославление как местночтимых святых Нижегородской епархии.
Храм повторно освящен 3 февраля 2006 года.
