В 1896 году Киевское Религиозно-Просветительское Общество решило провести торжественное празднование юбилея и построить церковь-школу во имя священномученика Макария. Активную деятельность в этом деле проявил член Общества, настоятель Свято-Феодоровской церкви, священник Константин Терлецкий. Еще в 1896 году о. Константин убедил совет Религиозно-Просветительского Общества в целесообразности построения церкви-школы на Юрковице, и 19 декабря 1895 года Совет Религиозно-Просветительского общества обратился в Киевское Городское Управление с ходатайством о выделении участка земли для возведения молитвенного дома для вечернего богослужения на вышине в начале спуска с Верхней Юрковицы на Нижнюю.Община церкви Байкового кладбища пожертвовала для строительства церкви во имя священномученика Макария стройматериалы от разобранной церкви святителя Димитрия Ростовского и иконостас этой церкви. Духовный собор Киево-Печерской Лавры восстановил этот иконостас. 4 мая 1897 года по благословению высокопреосвященнейшего Иоанникия, митрополита Киевского и Галицкого, состоялась закладка церкви-школы на Юрковице во имя священномученика Макария, митрополита Киевского и всея Руси. Обустройство горы и сооружение постройки было полностью окончено к 1 ноября 1897 года, а обошлось это великое дело всего в 10 тыс. руб., которые были собраны главным образом за счет добровольных пожертвований. В ноябре строительная комиссия отчитывалась Совету Киевского Религиозно-Просветительского Общества, что церковь-школа готова к освящению. Освящение храма по благословению высокопреосвященнейшего Иоанникия, митрополита Киевского и Галицкого, было назначено на 30 ноября, на день памяти св. апостола Андрея Первозванного.
Накануне, 29 ноября 1897 года, в Лукьяновской церкви св. Феодора Освященного состоялась всенощная. На следующий день из этой церкви после совершения ранней литургия на Юрковицу выступил крестный ход с перенесением святых мощей.После октябрьского переворота и гражданской войны Свято-Макариевское Юрковское братство прекратило свою деятельность. Школу и приют новая власть у церкви забрала. Помещение школы приспособили под жилое здание. Здание детского приюта было превращено в тубдиспансер.
Настоятель Свято-Макариевской церкви священник Никодим в 1937 году был арестован. Семьи отца настоятеля и отца диакона из церковного здания выселили. Церковь приспособили под шорную мастерскую, разрушив колокольню и купол.
Возобновилась жизнь в Свято-Макариевском приходе в 1942 году, когда зимой собрались верующие Татарки на Юрковице и зарегистрировали церковную общину.Но полное возрождение церкви началось 17 декабря 1945 года — в день памяти великомученицы Варвары, когда митрополит Киевский и Галицкий Иоанн Соколов назначил настоятелем храма священника Георгия Едлинского. Отец Георгий сумел объединить вокруг церкви прихожан, которые в меру своих сил и способностей трудились, как и их настоятель, возрождая прежнее благолепие церкви.
В 1947 году о. Георгий привлек к иконописным работам выдающегося мастера — художника И.С. Ижакевича, который написал для церкви иконы: священномученика Макария, Божией Матери «Нечаянная Радость», святителя Николая «Мокрого», великомученицы Варвары, Феодора Освященного, мученика Иоанна-воина, преподобного Серафима Саровского. Другие иконы были написаны его учениками.
Новый дубовый иконостас, клирос, киоты и свечной ящик были сделаны местными столярами-резчиками по проекту архитектора А.И. Мурашко с участием кандидата архитектуры Е.Д. Коржа. Освящение нового иконостаса и икон о. Георгий совершил в 1952 году. В 1989 году были начаты работы по восстановлению куполов храма по архитектурной разработке Л.В. Мамаенко. И уже в 1991 году Свято-Макариевская церковь восстала в своем первозданном виде с сияющими позолотой маковками куполов и новой колокольней.
