Село Субботино начало строиться в 1845 году у выхода из горной системы Саян реки Шушь. Из деревни Рухново, Вятской губернии, приехали сюда первые поселенцы: Домнины, Огородниковы, Федосимовы… На сельском сходе было решено построить церковь деревянную, но свою, за счёт общественных приписных средств и за счёт сельчан. Каждая семья, проживающая в Субботине, должна была привезти из тайги по 4-5 брёвен и отработать на строительстве церкви не менее недели.
Таким образом, в 1864 году она была окончательно отстроена, подняты колокола, образован приход во имя Казанской иконы Божией Матери и по благословению Преосвященного Никодима, Епископа Енисейского и Красноярского, освящена им 21 июля.
В 1907 году было задумано построить новую кирпичную церковь рядом с деревянной, потому как старая деревянная всех прихожан, с новых окрестных деревень, не вмещала. Строила церковь наёмная бригада во главе со специалистами по строительству храмов. Строили прочно, на века, с толщиною стен в 1 метр. в строительстве участвовали все семьи по очереди. За очерёдностью тщательно следили. Церковь была построена за очень короткий срок, уже в 1909 году был произведен подъём колоколов.
Новая церковь была одной из красивейших на юге Енисейской губернии. Деревянную церковь разобрали и перевезли в с. Шунеры, где она и служила прихожанам, но случился пожар и она сгорела. Служили богослужения, приходили сельчане помолиться в храм, построенный своими руками. Однако в 1936 году церковь была поругана, разрушена, растащена и перестала существовать как церковь. Всё церковное имущество было вывезено из села, растащено, разворовано, а в опустевшем храме было решено организовать сельский клуб и библиотеку. В 1968 году церковь стала складом для травяной муки совхоза, а в скором времени оказалась просто брошенной на произвол судьбы. Вот тогда и попытались её разрушить для того, чтобы использовать кирпич для кладки своих печей. Но ни одна из стен не поддалась. После всех неудачных попыток церковь превратили в сарай для скота.
С перестройкой 1990 года по всей стране стало возрождаться христианство. Субботино не стало исключением. Учителя-пенсионеры Елена Ивановна Домнина, Мария Васильевна Зорина, Полина Андреевна Кондакова, Нина Ивановна Трубицына и жители-энтузиасты Михаил Кузьмич Домнин, Юлия Николаевна Тодавчич, Вера Петровна Наговицына, Анна Денисовна Огородникова решили разбудить в людях желание восстановить красавицу-церковь, возродить веру, убитую властью. В 1990 году на сельском сходе было принято решение о реставрации церкви. Началась активная работа по восстановлению полуразрушенного храма и уже к 4 ноября 1997 года, к престольному празднику Казанской иконы Божией Матери, внутренние отделочные работы были закончены. Летом 1998 года начали наружные отделочные работы.
12 октября 1998 храм посетил епископ Красноярский и Енисейский Антоний. Владыка оценил вклад сельчан в восстановление церкви, пожелал успешно закончить оставшиеся работы. По восстановлении колокольни торжественно освятили и подняли колокола. С настоящее время в храме в честь Казанской иконы Божией Матери ведутся богослужения.
