Территория, на которой находится Казанско-Богородицкая Церковь, вошла в состав Вятского наместничества в 1780 году, а церковь в состав Вятской епархии в 1791 году, по Указу Правительствующего синода от 14 февраля 1791 года. В документах государственного архива в архивных фондах Вятского губернского правления, Вятской губернской казенной палаты, Вятской духовной консистории, Вятского губернского статистического комитета выявлены документы по истории села Можги с конца ХVIII века. Клировая ведомость Богородицкой церкви села Можги за 1844 год сообщает, что церковь холодная, деревянная, построена в 1754 году.
16 марта 1780 года указом Казанской духовной консистории по резолюции преосвященного Амвросия, архиепископа Казанского и Свияжского велено было в селе Можга Елабужской округи по неимению там теплой церкви построить деревянную церковь во имя святителя Василия Великого. Церковь была построена в соответствии с указом Вятской духовной консистории, по прошению священнослужителей Богородицкой церкви и приходских людей, и освящена протоиереем Елабужского Спаского собора Иоанном 22 октября 1791 года. Под прошением перечислены фамилии прихожан из села и окрестных 33 деревень на двух листах. Приложена ведомость о церкви и краткая справка о приходе, 607 дворов, жителей 2661 мужского и 2746 женского пола и священно-церковнослужителях.
В клировой ведомости Богородицкой церкви села Басурман Можги Елабужского духовного правления за 1802 год указано, что в селе имеется: первая церковь Богородицкая холодная, вторая — Василия Великого, обе деревянные. В приходе по последнему разбору состояло 465 дворов, а ныне 776.
18 марта 1806 года в трапезной отдельно стоящей теплой церкви по неосторожности сторожа новокрещённого Тимофея Фомина произошел пожар, в результате чего обгорели стены и потолок, проломилась крыша, сгорели некоторые вещи, а в самой церкви от дыма и жара были повреждены стены, иконостас и образы местных святых, а престол и жертвенник обнажены. К концу мая 1807 года иконостас и местные образа были исправлены, в трапезной стены и потолок вытесаны, на жертвенник и престол надеты новые одежды и срачицы, и после освящения воды осенью 1807 года в церкви вновь началось богослужение.
25 марта 1812 года церковный староста Симеон Васильев и прихожане 9 деревень «при посредстве и убеждениях благочинного иерея Василия Сперанского» составили приговор о постройке вместо обветшалых деревянных церквей вновь каменной в одной массе: холодной во имя Казанской Божьей Матери с двумя тёплыми приделами — по правую сторону во имя святителя Василия Великого Кессария Капподокийского, по левую — во имя Николая Мирликийского Чудотворца.
Епископ объявил можгинским прихожанам Божье благославенне на постройку церкви. 12 апреля того же года велел послать книгу для сбора пожертвований на 5 лет. К весне 1816 года был заготовлен для сооружения церкви почти весь необходимый материал и по прошению священника Иоанна Анисимова 3 марта было постановлено вместе с утвержденным планом и фасадом выдать храмозданную грамоту.
Строительство и устройство теплой каменной церкви завершилось в 1821 году Из теплой деревянной церкви в нее был перенесен иконостас и установлен в правый придел, освящение которого состоялось 13 ноября 1821 года. Старую теплую деревянную церковь было разрешено разрушить, а престол разобрать самим священникам, деку и столбцы в безопасном месте предать огню и пепел опустить на речную воду. Холодная церковь была освящена 21 октября 1861 года.
