Каменный храм во имя святителя Иоанна Златоустого в селе Долгие был заложен 29 августа 1893 года на средства прихожан. В июле 1903 года денежное пожертвование в размере 100 руб. поступило от святого праведного отца Иоанна Кронштадтского. Строительство было завершено в 1903 году, освящение церкви состоялось 10 ноября этого же года. Один из присутствовавших на освящении описывал храм как «великолепный, просторный, светлый, — живопись в нем изящная и обстановка в храме, хотя и недорогая, но вполне приличная».
Первоначально храм был приписан к Христорождественской церкви с. Частоозерье, священник и псаломщик второго штата которой проживали в селе Долгие. В 1890 году прихожане на собственные средства построили дом для псаломщика, в 1903 году — удобный, теплый и просторный из шести комнат дом для священника. Дома деревянные, были построены на церковной усадебной земле и составляли собственность церкви.
В 1909 году при храме был установлен собственный штат причта из священника и псаломщика. В 1913 году вокруг церкви была построена ограда.
В 1935 году Президиум Челябинского облисполкома принял решение о снятии колоколов с церкви как совершенно не функционирующей в течение трех лет. Колокола передали областной конторе «Металлолом». В помещении храма разместили колхозный клуб. В результате советского «хозяйствования» от храма остались нижние стены, он был приведен в аварийное состояние.
В 2018 году храм начал восстанавливать депутат Государственной Думы Российской Федерации VII созыва Александр Владимирович Ильтяков. Вскоре полуразрушенное здание, утратившее черты православного храма, обрело благолепный вид.
12 февраля, в день памяти трех великих вселенских учителей и святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого, село Долгие посетил митрополит Курганский и Белозерский Иосиф. Архипастырь совершил чин великого освящения храма и первую Божественную Литургию во вновь освященном храме.
