В монастыре находились деревянная Иоанно-Предтеченская церковь, жилые монастырские здания, здание миссионерской школы с домовой церковью, хозяйственные постройки. На отведённом участке попечитель начинающегося монастыря Палладий заложил деревянную церковь «в честь Рождества честнаго и славнаго пророка, предтечи и крестителя Господня Иоанна».
Все постройки монастыря были разрушены в первые же годы советской власти. Разрушение Богодуховского монастыря власти объясняли тем, что он стоит на том месте, где нужно построить теплоэлектростанцию, для которой на горе Маяк было много пустующих мест. Были разрушены и снесены: Иоанно-Предтеченская церковь, пять домов для проживания насельников, амбар, ледник, кухня, каретник и сарай, а также построенные в 1911 году два флигеля, одноэтажный и двухэтажный для монашествующих, кухня с сараем и погребом. К двухэтажному зданию миссионерского стана произвели пристройку и разместили там контору треста.
В настоящее время территорию Оренбургского Богодуховского монастыря занимает ОАО «Оренбургская теплогенерирующая компания». Сохранилось здание бывшего миссионерского стана и часть монастырской ограды. Так же, как и Богодуховский монастырь, все строения, относящиеся к Архиерейскому дому, были снесены. Разрушена Никольская церковь, бывшая Митрофаньевская. В основном здании – Архиерейском доме – ныне размещена горбольница №2. Внешний вид здания, некогда великолепной архитектуры, до сих пор остаётся изменённым.
