Строительство домовой церкви Иоанна Предтечи при архиерейском доме началось по завершении основных работ на административно-жилом корпусе, в конце 1880 года. В 1888 — 1891 годах, гражданский инженер П.Масленников уточняет проект, выполняет смету и расчет устойчивости сводов и арок домовой церкви. Он же руководит прооизводством работ, завершенных к 1897 году. В 1900 годах производится первое расширение церкви, надстройка трапезной с обогащением интерьеров по руководством архитектора А.А. Фольбаума. В 1914 году домовая церковь Иоанна Предтечи расширена крупной пристройкой к южному фасаду трапезной, что приблизило южный вход к главной улице. Вход этот был был включен в большой арочный проем с витражным заполнением. Архиерейский дом с домовой церковью Иоанна Предтечи и садом формировал квартал и участок застройки Новособорной площади и главной улицы — Воскресенской, теперь проспект Мира.
Помещение домовой церкви Иоанна Предтечи примыкает с южной стороны к архиерейскому дому, формируя угол пр.Мира и ул.Горького.
Здание включает в себя первоначальное ядро — крестообразную в плане церковь, квадратный в основании храм с прямоугольным алтарем и двумя боковыми приделами, продольно вытянутая трапезная и широкое основание колокольни , а так же поздние пристройки у южного и северного фасадов, выявляющие поперечную ось объема. На четверик поставлен широкий восьмерик храма с узкими диагональными гранями, завершенными ложными люкарнами с треугольными фронтонами.
Грани по сторонам света включают по высокому прямоугольному окну, врезающемуся в венчающий карниз. Окна обрамлены полуколонками с дынькой и завершены килевидного очертания кокошниками. Подобной формы кокошники-закомары обрамляют ложные круглые люкарны над алтарем и южным приделом. Углы восьмерика обработаны полуколонками с перехватами. Объем храма в настоящее время невысоким барабаном в 8 ровных граней, служивший основанием шатровой кровли и невысокой сферической кровлей над сводом храма. Широкий профилированный карниз нижнего яруса церкви раскрепован по угловым лопаткам.
Цоколь из гранитных блоков завершен профилем из вала и двух полок. Сохранившийся объем колокольни — двухярусный четверик выступает на западном фасаде, повторяя характер оформления боковых ризалитов восточного фасада административно-жилого корпуса. Характер обрамлений окон и лопаток так же аналогичны на обоих корпусах дома. Они повторены и на поздних пристройках, но не оштукатурены и несколько огрублены. Торец южного выступа прорезан огрмным арочным проемом, заполненным витражем. По сторонам проема ряды массивных полуколонок с квадратными перехватами несут участки карниза нижнего яруса.
Над широкой клинчатой перемычкой поднимается глухой щипец, над ним помещалась небольшая главка. Основные конструкции выявляются даже в затесненом перекрытиями и перегородками объеме, что позволяет воссоздать интерьер церкви. Обшиное пространство трапезной и слитых с ней огромными арочными проемами приделов и пристроек контрастирует с полузамкнутыми сравнительно небольшим пространством храма и притворов. Храм перекрыт восьмилотковым сводом, опирающимся на конструкцию из чередующихся трапециевидных парусов и лотков, прорезанных нвдоконными распалубками.
Над приделами и притвором — коробовые с лотками своды, а над квадратными западными пристройками — сомкнутые. Сохранились профили обрамлений арок, часть потолочных тяг и фрагменты темперной живописи на стенах и сводах, прикрытые известковой и масляной покрасками.
Размеры церкви по оси запад-восток 25 метров, по оси север-юг 18 метров.
Утрачены шатровые завершения церкви и ярус звона колокольни. Внутреннее пространство расчленено междуэтажным перекрытием по стальным балкам и перегородками. Устроена капитальная трехмаршевая лестница. Изменен рисунок витража.
Памятник культовой архитектуры II половины XIX века в русском стиле, своеобразной и сложной объемно-планировочной композиции. Часть многофункционального здания-комплекса. Сохраняет значительную градоформирующую роль благодаря крупным размерам, богатству и разнообразию форм и силуэта.
В 2002 году перед зданием установлен памятник врачу и священнику Валентину Феликсовичу Войно-Ясенецкому, трудившемуся во время войны в эвакогоспитале.
В 2012-2015 годах выполнены ремонтно-реставрационные работы. Произведен демонтаж поздней деревянной пристройки, не имеющей исторической ценности, водоотведение, устройство отмостки по периметру здания, устройство новых крылец, входов в здание, ремонт и усиление деревянных элементов крыши с организацией эффективного водоотведения атмосферных осадков, реставрация, воссоздание архитектурного деревянного декора памятника, оконных заполнений, ставен, дверей, полов, декора потолков. Также было провизведено устройство сетей инженерного обеспечения с учетом стилистики объекта культурного наследия, замена существующих перекрытий на железобетонные, реставрация лестниц, покрытий полов, роспись храма, благоустройство территории с устройством кирпичной ограды, реставрация исторической ограды.
