Приписной храм был построен в 1907 году известным астраханским благотворителем, купцом Иваном Ивановичем Губиным как семейная усыпальница купцов Губиных. В 1907 году здесь был погребён его брат, Александр Иванович Губин. В связи с построением этого храма бытует интересное предание. Оно повествует, что Александр Иванович Губин в дни своей молодости пострадал от казаков, побивших его нагайками со свинцовыми наконечниками, отчего голова его тряслась. В один из приездов в Астрахань святого праведного отца Иоанна Кронштадтского, в начале XX столетия, Александр Иванович подошёл к нему за духовной помощью и утешением. «На твоем теле будет храм», произнес отец Иоанн, благословляя добродетельного купца. И так действительно свершилось. Вскоре после смерти своего брата под сводом новопостроенного храма в специально устроенном под алтарём склепе почил сном праведника и сам его устроитель, Иван Иванович Губин.
Назван был храм в честь небесного покровителя Ивана Ивановича, родившегося в день Усекновения Честной Главы Иоанна Предтечи. 29 августа 1907 года храм был освящён ректором астраханской духовной семинарии архимандритом Иоанном Левицким. Построен он был каменный, однопрестольный, небольшой, без колокольни. Богослужения в храме совершались только летом, так как он не отапливался, и только по особому заказу купцов Губиных.
После революции 1917 года Иоанно-Предтеченский храм использовался очень редко и стоял почти всегда закрытым. Прибывший в Астрахань в декабре 1943 года Астраханский архиепископ Филипп Ставицкий стал деятельно добиваться возвращения епархии кладбищенской Иоанно-Предтеченской церкви и открытия её для богослужений. В связи с приездом в 1949 году в Астрахань Святейшего Патриарха Московского Алексия І местные власти зарегистрировали кладбищенскую церковную общину.
Сейчас старое кладбище уже не функционирует, здесь никого не хоронят, но в кладбищенскую церковь, по старой привычке, по-прежнему везут отпевать людей.
