Так называемая Малая церковь Выксы, храм Иоанна Богослова был также построен стараниями братьев Баташёвых. Его возвели в конце ХVIII века как кладбищенский и освятили в 1799 году. Сначала он не имел прихода и был приписан к Христорождественской церкви. Трапезной у него не было, а колокольня была одноярусной. Судя по всему, со временем храм перестал вмещать молящихся, и для увеличения его площади звонницу «отодвинули» от храма, построив между ними трапезную. Вместо шарообразной главки была установлена луковичная, фасады украсили кокошники. В целом, после перестройки 1857 года, храм приобрёл форму корабля. Позже с южной стороны от входа появился каменный пристрой с двускатной крышей. В конце 30-х годов новые власти решили проложить через кладбище магистраль, церковь закрыть, а в её здании организовать пионерский клуб. Однако верующие встали на защиту своего храма. Они даже написали письмо Сталину. По словам очевидцев, «тот, ознакомившись с прошением, был удивлён числом подписей и сказал, что весьма сожалеет, что до сих пор в наше время остаётся столько верующих людей». Храм всё равно закрыли в 1936-м году. Его имущество в 1937-м году перенесли в «Большую» церковь. Правда, средств на клуб не хватило. Очевидцы вспоминали, «13 января два представителя местных властей отобрали ключи у председателя церковного совета. А 15 января сорвали купола, кресты и сбросили к ограде кладбища. Ушли, а церковь оставили открытой, не заперли. В храм вошли хулиганы и надругались над святыней, осквернили утварь». Через некоторое время сюда нагрянули строители. В результате так называемого «переоборудования» ярус звона колокольни был снесён. Прорубили новые окна, внутри оборудовали второй этаж. Все проёмы утратили свои «готические» очертания и превратились в прямоугольные. Росписи везде, кроме купола, были утрачены. Вместо старого южного пристроя сделали новый, северный, из силикатного кирпича. Правда, сохранили чугунную винтовую лестницу. В бывшем храме устроили детский сад. К концу 80-х годов от кладбища, где были захоронены сотни именитых граждан Выксы, в том числе и основатель заводов Иван Родионович Баташёв, не осталось и следа. Здесь разбили игровую площадку. Старинное здание оказалось в центре современной застройки. В начале 90-х годов в храм был назначен первый после осквернения церкви, настоятель, священник Димитрий Колоколов. В 1994 году начался процесс восстановления Богословского храма. Он получил статус архитектурного памятника республиканского значения. Храм постепенно начал приобретать свой прежний вид, была воссоздана форма окон, а фрески, которые когда-то вытравливали кислотой, отреставрировали. В начале августа 2016 года состоялось торжественное водружение каркаса главного звена колокольни, а также главки и креста храма во имя Иоанна Богослова.
В 2012-м году, 27 октября, за алтарём был освящён памятный крест, посвящённый основателю города и Выксунских заводов Ивану Баташёву, а также погребённым на этом месте мастеровым, прославившим выксунскую металлургию, управляющему заводами М. П. Горностаеву, главному механику М. Т. Попову, заводским изобретателям братьям Пономарёвым и другим. Место установки памятника выбрано не случайно. Около 200 лет назад здесь возвышался бронзовый бюст Ивана Баташёва, отлитый на Сноведском заводе. Чин освящения памятника совершил в ХХI веке глава Выксунской епархии епископ Варнава. Церковь Иоанна Богослова представляет интересный образец классицизма с чертами неоготики, крестообразное в плане однокупольное здание с трапезной и колокольней, пристроенными к основному объёму в 1857 году.
