Церковь Иоанна Богослова, построенная в 1683 году, одна из самых совершенных в Ростовском кремле. Надвратный храм Иоанна Богослова сходен с церковью Воскресения. Он также стоит на высоком подклете, также имеет по сторонам выступающие вперед круглые башни. Однако основная часть храма вытянута вверх, что придает постройке легкость, изящество. Это еще более подчеркивает удлиненные барабаны. Апсиды церкви небольшой кривизны, что вообще характерно для ростовских церквей. Западный фасад храма и вся плоскость ворот, выходящих на московскую дорогу, богато украшены.
Фрески церкви изображают сцены из жизни Иоанна Богослова и Авраамия Ростовского, святого, который, по летописным источникам, был одним из первых проповедников христианства в Ростове. Особенно интересен нижний ярус росписей, где изображена встреча Авраама с Иоанном и борьба с идолопоклонниками. В этих фресках отражены представления живописца о древней Ростовской земле. В сцене встречи на западной стене изображен Ростов, огражденный крепостной стеной с башней. Рядом сцена сокрушения идола Велеса, написанная также на фоне города.
Немного отступив от боковой башни, прямо на стене, как и у церкви Воскресения, поставлена небольшая шатровая звонница, схожая с царской башенкой на кремлевской стене в Москве.
Церковь Иоанна Богослова в Ростовском Архиерейском доме, ныне известном как Ростовский кремль, построена в начале 1680-х годов по заказу митрополита Ионы Сысоевича — выдающегося русского церковного деятеля XVII века, одного из ближайших сподвижников патриарха Никона. Сооружение её над западными парадными воротами кремля стало завершающим этапом формирования кремлёвского ансамбля. В интерьере церкви сохранилась стенная роспись, о завершении которой в 1683 году сообщает храмозданная надпись на восточной стене. Помимо традиционных для этого времени сюжетов, стенопись включает в себя житийные циклы апостола Иоанна Богослова и святителя Авраамия Ростовского, одного из первых просветителей и крестителей Ростовской земли.
В храме один престол, Иоанна Богослова. Церковь Иоанна Богослова, пятиглавый храм, с одной световой и четырьмя декоративными главами, с трехчастным алтарем, на двухярусном подклете. Церковь стоит над воротами с коленчатым проездом, с трех сторон окружена галереями, перед воротами со стороны города, две круглые башни.
Дважды она горела, к концу 18 века богослужения прекратились, в погребах устроили склады, в результате, к началу 19 столетия храм сильно обветшал. Тогда его решено было разобрать, требовался кирпич для новой церкви. Ростовское городское общество отстояло древние постройки, но восстановление их началось только во второй половине 19 века. К этому времени храм уже 30 лет стоял без кровли, с разрушенными сводами и выбитыми стеклами. После революции церковь закрыли и показывали посетителям кремля только снаружи. Переломный момент случился в 1953 году, сильный смерч значительно повредил здание, после чего его капитально восстановили. Тогда же западные ворота стали главным входом.
