Село Афанасьево в старину входило в состав дворцовой волости с центром в Александровской Слободе, присёлком которой оно и было. Под 1628 годом в патриарших окладных книгах значится «церковь Воскресение Христово в с. Офонасьеве в слобоцком присёлке». Церковь Воскресения стояла до 1803 года. В 1803 году по благословению преосвященного Ксенофонта, епископа Владимирского и Суздальского, на средства прихожан была построена ныне существующая каменная церковь Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Кроме главного престола, в храме был тёплый придел, в трапезной, святителя Николая Мирликийского Чудотворца. В советское время, в 1930-х годах, храм был закрыт, разрушена колокольня. В 1999 году на сельском сходе жители решили начать восстановление.
В приход храма села Афанасьево входили д. Новинки, в которой была часовня в честь Архангела Михаила, и д. Наумово, где была часовня Казанской иконы Божией матери. В обиходе — Иоаннобогословская церковь. Кирпичная церковь в стиле провинциального классицизма. Колокольня разрушена в 1964 году. Церковь требует реставрации, с 1999 года открыта, служатся молебны.
