Небольшой город Саки широко известен как бальнеологический курорт, куда издавна съезжалось множество больных в надежде поправить здоровье местными грязями. Для духовного исцеления при сакской лечебнице в 1861 году была выстроена небольшая каменная церковь. Инициатива строительства храма в Саках принадлежала святителю Иннокентию Борисову, епископу Херсонскому и Таврическому. В 1853 году Херсонская духовная консистория ходатайствовала перед Главным управлением путей сообщения и публичных зданий о рассмотрении проекта церкви при Сакском соляном озере, который разработал Херсонский епархиальный архитектор. Проект был отклонён, хозяйственное управление Синода предложило свой проект сметной стоимостью 8.000 рублей серебром. 13 декабря 1856 года Святейший Синод рассмотрел и одобрил представленный проект и рекомендовал «препроводить архиепископу Херсонскому новый проект относительно построения церкви при Сакском соляном озере с предоставлением сведений с заключением и возвращением того проекта». 25 апреля 1857 года архиепископ Иннокентий ответил Синоду: «Честь имею уведомить, что дело остановилось за прошедшею войной и вследствие ее может совершенно переиначиться, ибо церковь предполагалась к постройке главным образом ради существовавшего там больничного заведения, от которого не осталось теперь ни щепки. Готовится прожект о возведении нового здания, в состав коего думают ввести и церковь». Святитель Иннокентий предполагал построить в Саках обширный храм и изыскивал для этого средства. Кончина крымского архипастыря в 1857 году прервала все планы. Вместо большого храма в 1861 году на средства евпаторийского купца 3-й гильдии Петра Третьякова построили небольшую каменную церковь во имя святого пророка Илии, скромную по архитектуре. Храм обслуживал Саки и семь деревень — Александровку, Ивановку, Лезье, Михайловку, Ново-Дмитриевку, Тишей, Тулат-Карач, всего 1679 прихожан. История сохранила имена первого священника Романа Сулимы и диакона Павла Михайловского. У первой церкви не было колокольни, под звонницу приспособили небольшое строение. Колокола висели так низко, что их звон не был слышен в большей части села. Только через 30 лет, в 1891 году, возник вопрос о строительстве на средства прихожан новой трёхъярусной колокольни, на расстоянии трёх саженей от храма. Автором проекта колокольни стал художник архитектуры Амбарцум Иванович Карапетов. Долгое время он жил и работал в Крыму, где по его проектам было воздвигнуто несколько храмов, а также гражданских зданий. В Симферополе им были построены Казённая палата и церковь Трёх Святителей, в Керчи — церковь Вознесения Господня и храм Успения Пресвятой Богородицы, а также церковь во имя апостола и евангелиста Луки в селе Лаки. Архитектор Карапетов спроектировал нарядную высокую 33 метра, колокольню, а уже в октябре строение было освидетельствовано и принято в эксплуатацию. В 1902 году встал вопрос о строительстве самого здания церкви, соответсвующего колокольни. Был организован строительный комитет, председателем которого стал настоятель сакского храма священник В. Попов. Комитету нужно было изыскать денежные средства, выбрать опытного архитектора — автора проекта, найти благонадёжного подрядчика, способного грамотно повести строительство, закупить стройматериалы. При выборе подрядчика комитет решил устроить частные торги, на которые приглашались подрядчики, известные епархиальному ведомству. Спустя некоторое время нашёлся добросовестный и опытный инженер-строитель, хорошо зарекомендовавший себя в губернском центре, он строил в Симферополе Дворянский театр, здание Офицерского собрания, частные дома. Я. А. Рыков взялся за подрядную работу по сооружению Свято-Ильинской церкви. Согласно контракту, строительство должно было завершиться к августу 1903 года. Зодчим будущего храма стал Хрисанф Константинович Васильев, автор проекта железнодорожного вокзала в Баку, величественного храма Архистратига Михаила в Алупке и церкви в Гурзуфе. Васильев так гармонично объединил уже существовавшую колокольню с новым храмом, в результате чего постройка стала выглядеть единым целым, не взирая на разницу в 40 лет. Этот храм мог украсить любой город: нарядный, просторный, праздничный, правильных пропорций, без налёта провинциальности. 2 октября 1903 года новая церковь была освящена во имя пророка Божьего Илии. Чуть более 25 лет Ильинский храм своей привлекательной атмосферой и выделяющейся архитектурой на фоне Базарной площади села Саки радовал прихожан и гостей этого курортного местечка. На основании секретного постановления Президиума Евпаторийского райисполкома от 27 ноября 1929 года было решено «санкционировать закрытие церкви с использованием здания в культурных целях». В период 1929-1930 годов на всех сакских предприятиях и в окрестных деревнях проводятся собрания, где на повестку дня вынесен вопрос о ликвидации Ильинского храма. 1 января 1930 года вопрос о закрытии церкви был решён. Ильинскую церковь должны были переоборудовать под клуб Химсольтреста. В апреле этого же года местный сельсовет распорядился переоборудовать храм под клуб, тем самым предварительно изъять церковные ценности, снять купола, демонтировать иконостас и по возможности сбить «ненужные» архитектурные детали с фасадов здания. 8 апреля, благодаря неравнодушным к судьбе своей святыни прихожанам села Саки, которые окружили церковь и с вилами и палками в руках, заставили прекратить разорение богохульниками Божиего дома. Об инциденте узнали в Москве. По распоряжению всесоюзного старосты М. И. Калинина в Крымский ЦИК была отправлена телеграмма, в которой говорилось о том, чтобы церковь в селе Саки передали верующим. В ответ местные органы власти сообщили, что «Сакская церковь была закрыта по требованию 1,5 тысяч трудящихся и капитально перестроена под клуб. Считаем закрытие клуба невозможным». Так, целых 11 лет в здании располагался Сакский клуб, в котором показывали фильмы, выступали артисты, проходили танцы. Стоит сказать, что церковь была вновь открыта в самом конце 1941 года, во время немецкой оккупации города Саки. На долгие годы Свято-Ильинский храм был единственным действующим храмом на весь Сакский район. «Посещаемость данной церкви верующими довольно значительная, — докладывал крымский уполномоченный по делам Церкви Я. Жданов в 1952 году. — Например, по личному наблюдению, 19 августа с.г., в так называемый церковный праздник «Спас Преображения», несмотря на то, что день был рабочий, в церкви было не менее одной тясячи человек, проводилось освящение фруктов, а в такие церковные праздники, как «Пасха», в Сакской церкви бывает полторы, две тысячи человек и более» За храмом по мере возможности ухаживали, церковь внутри побелена, иконы правда были замазаны, а снаружи окрашена в белый цвет, выкрашен пол и кровля, здание капитально отремонтировано. Колокольня осталась на месте, поскольку была внесена в лоции и использовалась как навигационный знак в судовождении. В апреле 1947 года Сакский храм посетил святитель Лука Крымский. Невзирая на усилия властей, богослужения в Ильинском храме не прерывались со времени его открытия во время Великой Отечественной войны и до наших дней. С 24 декабря 1960 года до 1985 года настоятелем церкви был священник Сергий Скоробацкий, когда он по состоянию здоровья был почислен за штат. С 9 апреля 1987 года по 26 февраля 2014 года настоятелем сакского храма был священник Валерий Цуркан. С 4 апреля 2014 года настоятелем Свято-Ильинского храма г. Саки является протоиерей Иоанн Пристинский. С 1991 года началось серьёзное восстановление церкви Святого пророка Илии, в результате чего здание храма было реконструировано, после чего вновь стало иметь первозданный вид. За время ремонтных работ были восстановлены на своих местах купола, произведены росписи стен, воссоздан новый резной иконостас, на звоннице был установлен колокол «Благовест», вес которого достигает около полутонны. Для больных, передвигающихся в специальных колясках, заботливо предусмотрен удобный въезд в храм.
