Холодный Илиинский храм построен в настоящем виде в 1745 году. Сведений о холодном храме, бывшем до устройства нынешнего, не сохранилось. Существующий храм выстроен «тщанием прихожан», как значится в клировой ведомости, но, без всякого сомнения, при значительном содействии тогдашних помещиков бояр Салтыковых. За это говорят размеры храма и иконостаса и богатство сохранившихся от того времени украшений. Предположение это является тем более вероятным, что от Салтыковых в Кубенском храме хранится не мало ценных даров из утвари церковной, о которых будет сказано ниже, показывающих их щедрость и заботы о благоустройстве храма своей вотчины.
Этот храм каменный, одноэтажный, однопрестольный, с тремя входами, с западной, северной и южной сторон, каждый вход имеет двои двери, стеклянные и железные, решетчатые. С востока выступает полукруглый алтарь, с запада входное крыльцо, с одной стороны открытое, без дверей, на карнизе коего находится живописное изображение Пресвятой Троицы. Крыша храма четырехскатная, до 1803 года была тесовая, а в этом году на средства Кубенского крестьянина Димитрия Кулагина сделана железная; на ней высятся пять круглых фонарей, с большими обитыми белым железом главами; главы обиты железом в 1803-м году на средства того же Кулагина, а до сего были крыты тесом, кресты на главах деревянные, спаяны листовым железом, сделаны в настоящем виде в 1889 году. Длина храма от входных дверей до горнего места 13 сажен, ширина 6 сажен. Окна в два света, внизу по три окна на стороне, вверху по два, на задней стене четыре окна, в алтаре три окна, в фонаре четыре узких продолговатых окна. Наружных украшений, кроме зубчатого карниза, стены храма не имеют. На западной стене вделана каменная плита с надписью о времени построения церкви, «Построися сия церковь и освятися во имя Святого Славнаго Пророка Божия Илии, лета Господня 1745-го июля в 19 день». На южной стене две таких же плиты, свидетельствующие о том, что против этих мест похоронены два богатые крестьянина прежнего времени Ваненьские. Надписи сделаны вязью и с титлами, сохранились хорошо и читаются без труда. В 1897 году храм окрашен светло-желтою краскою, крыши зеленою, а главы светло-голубою.
1 мая 2019 года настоятель храма Святой Троицы иерей Николай Попугаев совершил первый молебен в храме пророка Илии. Это было первое богослужение в храме за последние 90 лет. Верующие жители села Кубенское прошли крестным ходом от Троицкой церкви до храма Илии Пророка. Отец Николай поздравил всех с праздником Пасхи, поблагодарил всех кто принимал участие в подготовке алтарной части храма к первому богослужение и особо отметил труды прихожанина Андрея Лабутина, вручив ему благодарственное письмо и памятный подарок — икону Святой Троицы. Жителям села ещё предстоит большой объём работ по восстановлению поруганной святыни.
