Деревянная Свято-Ильинская церковь — возможно является первым православным храмом Киевской Руси. Первые упоминания об этой церкви встречаются ещё до Крещения Руси. В Повести временных лет говорится, что в 945 году, когда киевские послы после заключения договора с византийским императором Романом вернулись в Киев в сопровождении греческой делегации, христиан русских привели к присяге в:
«церкви Святаго Ильи, яже есть надъ Ручаемъ, конець Пасынъче бе седы, и Козаре: се бо бе соборная церков, мнози бо беша Варязи хрестияны».
Согласно более позднему преданию, церковь Святого Ильи построена киевскими князьями Аскольдом и Диром. Будучи язычниками, князья предприняли поход на Константинополь. Защищаясь от врагов, горожане во главе с императором и патриархом обратились с молитвой к Богу и опустили ризу Божией Матери в море. Далее летописец повествует, что ниоткуда взявшаяся буря потопила корабли русов. Увидев такое чудо, князья Аскольд и Дир приняли крещение и вернувшись в Киев, построили церковь Святого Ильи.
Существуют предположения, что Крещение киевлян в 988 году совершилось именно около церкви святого Ильи, расположенной на Подоле на берегу рек Днепра и Почайны. Это место было самым удобным для крещения большой массы людей, ведь после крещения неофита необходимо ввести в церковь. В церкви святого Ильи в своё время молилась и княгиня Ольга.
О том, как выглядела церковь вначале, сведений не сохранилось. Допускают, что храм был деревянным.
В 1692 году на пожертвования мещанина Петра Гудимы, было построено каменное здание храма. Известно, что в течение многих поколений представители этой семьи были ктиторами этого храма. Храм того периода был небольшим сооружением, которому присущи лаконичность и четкость форм, подчеркнутых сдержанным внешним декором.
До наших дней сохранился портрет сына строителя храма — Ивана Гудимы. Как считает П. Билецкий, портрет написан к 100-летнему юбилею Ивана Гудимы для Ильинской церкви. На портрете есть надпись: «Гудимовым летам кто хочет дождати, Гудимовому житию изволь подражати». Сейчас портрет находится в музее изобразительного искусства города Киева.
В первой половине XVIII века была построена двухъярусная колокольня и установлены церковные врата в стиле украинского барокко, изготовленные киевским архитектором Григоровичем-Барским. В 1755 году полковой есаул Павел Иванович Гудима провел реконструкцию храма, в процессе которой был достроен Иоанно-Предтеченский придел. А его брат Федор принял священный сан и совершал служение в Ильинском храме в 1740-х годы.
В XIX веке в ведении Ильинской церкви были всего 16 дворов. Количество прихожан в тот период составляло всего 130—140 человек. В 1887 году по инициативе и на средства старосты храма Лазаря Черноярова заменили чугунный пол на теплый деревянный и провели паровое отопление. В 1904 году был капитально отремонтирован храмовый комплекс и написаны новые иконы. В 1909 году Ильинский храм снова ремонтировался. Были обновлены настенная живопись, написан дошедший до нашего времени образ Покрова Пресвятой Богородицы под хорами над центральным входом в храм.
В 1930-е годы церковь пророка Ильи была закрыта большевиками и передана киевскому элеватору под склад зерна. Церковь была открыта во время Великой Отечественной войны. С тех пор по сегодняшний день в храме проводятся богослужения. В 1990-х годах был отреставрирован фасад храма и прилегающих к нему помещений, сделан новый иконостас, открыта воскресная церковно-приходская школа и крестильня.
При храме работает воскресная школа для взрослых и детей. Богослужения проходят в сопровождении двух певческих коллективов: хора студентов Киевской духовной академии и молодёжного хора храма.
Альтернативная точка зрения:
По мнению историка А. П. Толочко, в летописной статье 945 года речь на самом деле идёт об Ильинской церкви в Константинополе — т. н. «Новой Церкви», возведённой Василием I Македонянином в императорском дворце, пророк Илия был покровителем правившей в то время в Византии Македонской династии. Константинопольская церковь св. Ильи не имела своего входа, так как была пристроена к служившей храмом-реликварием соборной церкви Богоматери Фаросской, находившейся к северо-востоку от Большого императорского дворца и не сохранившийся до наших дней. Касательно же Киева того времени, как отмечает Толочко, в источниках нет никаких других сведений о наличии в городе в то время не только церкви, но и христианской общины вообще, а археологам до сих пор не удалось обнаружить Ильинскую церковь в указанном летописцем месте.
Конструкция здания церкви выполнена из кирпича, является трехчастной и однокупольной. Судя по формам декора могла быть построена московским мастером. В 1718 году церковь пострадала во время пожара. Была перестроена в 1755 году. В это время к сооружению с севера пристроен придел Иоанна Предтечи. Пожар в 1811 году нанес значительный ущерб сооружению, после чего проведён очередной ремонт.
Композицией здание восходит к типу украинских трехсрубных церквей. Декор фасадов выполнен в традициях русской архитектуры XVII века. В первой половине XIX века к церкви пристроен придел с юга и притвор с портиком в формах классицизма с запада. В 1957 году под наслоением живописи XIX и XX веков были обнаружены фрагменты росписи XVIII века.
В нижнем ярусе храм оформлен утонченными полуколоннами, на которые опираются легкие треугольные фронтоны. Увенчивает здание карниз, на фризе которого размещены лепные розетки. Такой же карниз украшает барабан купола. Увенчивает купол небольшой декоративный фонарь с иконами, среди которых образы Спасителя, Божьей Матери, Иоанна Предтечи, пророка Илии и других святых.
Ансамбль Ильинской церкви является одним из архитектурных акцентов в застройке набережной Днепра и формирует первый план силуэта застройки Подола. Строения вокруг Ильинской церкви — колокольня, бурса, ворота и ограда — составляют единый архитектурный ансамбль.