В 1899 году в Евпатории был освящён Свято-Никольский собор, однако он не мог полностью удовлетворить потребность православного населения. В 1901 году по просьбе местной греческой общины городская Дума Евпатории бесплатно выделила место, 600 квадратных саженей земли, под строительство новой церкви. А через шесть лет городской архитектор Адам Людвигович Генрих подготовил для этого проект.
В 1911 году было освящено место под строительство храма в честь пророка Божия Илии, которое велось на деньги греческой общины. Значительную сумму на это благое дело пожертвовал известный судовладелец Панаит Давыдов, он же руководил и всей постройкой. Но средства на постройку новой церкви поступали слишком медленно, что вынудило евпаторийскую греческую общину обратиться в Думу с просьбой о выдаче субсидии в сумме 5 тысяч рублей. Семён Эзрович Дуван, городской голова Евпатории, дал согласие выплачивать субсидию частями, а лично от себя пожертвовал 400 рублей и бронзовую люстру для церкви. За помощь в строительстве храма Дуван был награждён Его Величеством Королём Греции Крестом Святого Спасителя. Строительство храма началось 6 июня 1911 года и продолжалось до 1916 года под руководством автора проекта, архитектора А. Л. Генриха. Здание возводилось из местного пористого камня-известняка. Во внешних углах, между рукавами церкви, находились четыре симметричные постройки. Две из них, ближайшие к алтарю и открытые в солею, служили жертвенником и дьяконником. Третья являлась клиросом, а в четвёртой располагалась лестница, ведущая на хоры. 30 июня 1918 года церковь Св. пророка Илии открыла свои двери для верующих. Богослужение и чин освящения в ней совершил архиепископ Таврический Дмитрий, князь Абашидзе. Внутреннее устройство храма из-за недостатка средств длилось почти 10 лет и было окончено уже с началом гонений на Церковь.
После революции Ильинский храм оставался действующим, но его не обошли стороной тяжёлые испытания. В 1922 году по Декрету ВЦИК изъяли церковные ценности на нужды голодающих. В 1936 году в Евпатории сначала запретили колокольный звон, а затем и вовсе закрыли этот храм. Здание церкви передали Комитету физкультуры и спорта. Настоятель Ильинского храма протоиерей Елеазар Спиридонов написал о случившемся греческому консулу в Москву, после чего был арестован. Ему присудили пять лет лагерей без права переписки. 64-летнего священника отправили этапом на Колыму, где он работал на рудниках и через полгода скончался от непомерных трудов и болезни. В том же, 1936-м году власти Евпатории расторгли договор с греческой общиной из-за того, что прихожане не сумели отремонтировать здание и храм закрыли. Уже во время Великой Отечественной войны Ильинку вновь открыли и здесь в годы оккупации службу вёл Иван Улезко, 1872 года рождения. Однако в конце 50-х годов прошлого столетия храм ждали новые испытания. Из-за хрущёвской атаки на религию его вновь закрыли якобы из-за аварийного состояния колокольни высотой 42 метра. Её пытались разрушить с помощью военной техники: танка, БТРов и стенобитных машин. Стальные тросы рвались, но колокольня не поддавалась. В конце концов рабочим удалось разобрать верхние её ярусы. Случилось это в 1959-м году. Здание храма снова стали использовать как спортивный зал. В очередной раз тут забелили лики святых.
В конце 1980-х годов инициативная группа верующих приступила к работе по возвращению Ильинской церкви прихожанам. И в декабре 1989 года Евпаторийский исполком принял решение о передаче здания церкви религиозной общине. 2 мая 1990 года архиепископ Симферопольский и Крымский Варлаам совершил чин освящения храма. Благодаря настоятелю Ильинского храма иерею Георгию Куницыну, была восстановлена звонница, алтарь, в церковь вернулись многие иконы. Иконы на иконостас и киоты были изготовлены в Почаеве художниками-иконописцами отцом и сыном Ананием и Иваном Мельничуками. Они же расписали и стены храма. К юбилею Евпатории в 2003 году колокольню восстановили, на ней был установлен новый колокол. Его отливали на днепропетровском предприятии «Благовест-1». Высота колокола составляет 89 см, диаметр — 84 см, на поверхности — надпись: «Сей колокол отлит в честь 2500-летия богоспасаемого града Евпатории в лето 2003 от Рождества Христова для храма пророка Илии».
В отличие от затейливого Николаевского собора, греческая церковь смотрится довольно просто: гладкие темноватые стенки из пиленого ракушечника, большие лаконичные детали фасадов. Храм построен в греко-византийском стиле, поэтому традиционно план имеет вид креста. Здание церкви возвышается на высоком цоколе, что несмотря на небольшие размеры здания, делает его вид более внушительным. Купол покоится на восьмигранном барабане, каждая грань которого заканчивается фронтоном. Украшают храм тонкие пилястры, полуциркульные арки, тройные арки с витражами. С восточной стороны расположена пятигранная апсида, главный вход оформлен в виде арки, опирающейся на две полуколонны. Примечательна трёхъярусная колокольня, которая значительно выше основного купола. На одной из грани апсиды виден след от снаряда — это след от шрапнели, выпущенной с турецкого крейсера «Мидилли», переименованный германский «Бреслау», 24 апреля 1916 года по старому стилю.
