Начальная история этого храма была связана с существованием в южной части Астрахани загородного архиерейского сада. Ещё с давних времён у астраханского митрополичьего дома был “за деревянным городом, за Калиточными воротами, идучи из тех ворот за город, на правой стороне огород”.
Астраханский митрополит Савватий, задумав перестроить Успенский собор и Троицкий монастырь в кремле, в 1693 году исхлопотал у царей Иоанна и Петра Алексеевичей для митрополичьего дома находящееся около того огорода пустое место под сарай для изготовления кирпича. Но с 1700 года на этом месте стали строиться домами московские стрельцы Симбирского полка и в скором времени образовали слободу, до самого архиерейского огорода. Это привело к тому, что на границе слободы и огорода была построена деревянная церковь в честь Пророка Ильи.
В официальных документах Ильинская церковь упоминается с 1702 года. Находилась она, скорее всего, на попечении Архиерейского дома и в то же время выполняла роль приходского храма для живших рядом стрельцов. Но после подавления астраханского “свадебного” бунта 1705-1706 годов, в котором самую активную роль играли конные московские стрельцы, их за неблагонадёжность вывели из Астрахани в новоосвоенный Санкт-Петербург, чтобы они кровью на полях Северной войны смыли позор измены. Симбирская слобода запустела. Уже в ноябре 1707 года астраханский воевода П.М. Апраксин писал императору Петру I, что необходимо заселить бывшие стрелецкие дворы, в которых ныне никого нет, а иначе “те дворы сгниют”.
Император распорядился передать дворы солдатам, оставленным там для гарнизонной службы и раньше находившимся на походном положении “на постое” в жилых дворах. Большая часть из этих 3 000 солдат получили дворы в Земляном городе в Сьяновой, Симбирской и в других слободах. Но Симбирская слобода заселялась тяжело, так что прихожан у Ильинской церкви почти совсем не стало. К тому же в самих солдатских слободах уже имелись свои приходские храмы, Троицкий и Воскресенский. Таким образом, Ильинская церковь сделалась домовым архиерейским храмом при митрополичьем саде, который с этого времени стал называться Ильинским.
Храм был построен в классическом стиле, так же как и двухъярусная колокольня, увенчанная длинным остроконечным шпилем. Пространство храма и трапезы имело общий объём прямоугольной формы. Храм был увенчан круглым барабаном в форме ротонды, имевшим по периметру шесть длинных и узких окон. Притвор храма имел форму классического портика, так же как и придельные алтари с северной и южной сторон, выстроенные как два ложные портика. Восточная стена алтаря имела незакруглённую прямоугольную форму. Внутри храм был расписан в 1834 году священными изображениями. При расширении трапезы в 1898 году новосооружённые стены были заново расписаны и старая роспись подновлена. Трёхъярусный иконостас, резной работы, вызолоченный на полимент, изготовлен был в 1834 году, а иконостасы боковых приделов устроены заново в 1897 году.
В 1923 году Ильинский храм был захвачен обновленцами. В 1933 году закрыт. После своего закрытия Ильинская церковь в 1936 году была продана консервзаводу под склад готовой продукции.
В годы Великой Отечественной войны на площади перед храмом стояла противозенитная артиллерия. 25 октября 1946 года по просьбе армянской религиозной общины, так как все армянские храмы в г. Астрахани были уже разрушены, ей было передано здание бывшей православной Ильинской церкви. В 1956 году храм был у них отобран, в 1960 году снесён. Сейчас на месте Ильинской церкви стоит невзрачное здание типовой хрущёвской пятиэтажки.
