Храм Двенадцати апостолов находится в Судаке, расположен у основания горы Палвани-Оба, рядом с башней Астрагвера, другое ее название — Портовая башня. Много веков назад именно в этом месте брал своё начало старинный город Сугдея, а также нижний город-порт. Первые поселения находились на Южном склоне Крепостной горы и частично на горе Палвани-Оба, в непосредственной близости к порту.
Изначально это был греко-византийский храм пророка Божия Илии. Достоверно неизвестно точное время постройки церкви. Предположительно, храм Двенадцати Апостолов построили армянские зодчие в XII-XV веках, с целью размещения в ней греческой общины. Этот храм относится к постройкам византийского стиля с использованием элементов малоазийских и закавказских архитектурных направлений. Он отличался вставками из затейливых камней с орнаментом и граненым выступом здания — апсидой. Церковь имеет пятигранную апсиду на прямоугольном фундаменте. Три окна — с востока, юга и запада пропускают в храм свет. Внутри в северной стене находится ниша, раньше их было две. Вход в храм расположен с западной стороны.
Примерно, в XVII веке храм был дважды разрушен. После первого разрушения на его фундаменте построили церковь меньшего размера, храм продолжал принадлежать греческой общине. А за вторым разрушением последовало создание в его стенах Армянской церкви.
Свое современное название храм Двенадцати Апостолов получил благодаря одной из сцен росписи «Тайная вечеря» на своих стенах. Эта фреска подарила храму его звучное имя, закрепившееся в краеведческой литературе. Фреска находилась в удовлетворительном состоянии вплоть до Великой Отечественной войны. К сожалению, сегодня очертания фрески практически неразличимы.
Было исследовано копированное, прочерченное на фрагментах сохранившейся штукатурки изображение парусных судов. Судя по конструкции, они могут быть отнесены к XV веку и началу XVII векам, что совпадает со временем функционирования храма.
В послевоенное время храм Двенадцати Апостолов пребывал в запущенном состоянии. В 1970-х годах были предприняты первые попытки его отреставрировать. Но в силу различных обстоятельств, эти попытки не увенчались успехом. Только в 2006 году были проведены масштабные реставрационные работы этого памятника архитектуры. Процесс проходил по инициативе и под строгим контролем руководителей музея «Судакская крепость» и Национального заповедника «София Киевская». Реставрация проходила на деньги спонсоров, которых хватило и на переоборудование интерьера храма. В том числе, художники Киевского реставрационного центра попытались, насколько это возможно, восстановить ту самую фреску «Тайная вечеря» и дополнили храм Двенадцати Апостолов ещё множеством красивых орнаментов.
К весне 2009 года храм Двенадцати Апостолов был восстановлен. 19 апреля 2009 года, в Светлый день Пасхи Христовой, здесь состоялся праздничный молебен. 24 мая, в день святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, в храме отслужен торжественный молебен в честь официального открытия храма.
