Главным строением архиерейского подворья вот уже более века является Бийский Архиерейский дом. Именно отсюда с 1883 года по 1919 год задавался по сути тон духовной жизни огромного региона от северо-восточного Казахстана до Хакассии, включая всю современную Республику Алтай и отчасти Алтайский край, который духовно и культурно окормлялся Алтайской духовной миссией и подвижниками-миссионерами. А это сотни храмов, приходских училищ, миссионерских и церковно-приходских школ, монастыри, приюты и богадельни.
Первый двухэтажный с мезонином полукаменный архиерейский дом был построен в период с 1880 года по 1882 год на средства бийских первой гильдии купцов — городского головы Якова Алексеевича Сахарова и Алексея Федоровича Морозова, других благотворителей и освящен первым Бийским епископом, Преосвященнейшим Владимиром Петровым. 22 мая 1886 года в 2 часа ночи сгорел архиерейский дом. Епископ Макарий спасает от огня в домовом Казанском храме напрестольный крест, Антиминс и Евангелие. Пожар уничтожил здание, все имущество, библиотеку, архивы миссии и катехизаторского училища.
Новый архиерейский дом возводился с 1886 года по 1888 год на благотворительные пожертвования сотен граждан Бийска, Бийского уезда и Российской Империи. Уже через несколько месяцев после пожара стараниями бийских купцов Алексия Викуловича Соколова, Михаила Савельевича Сычева и сотен других благодетелей, среди которых были Высокопреосвященнейший Платон, митрополит Киевский и Галицкий, графиня А.Г. Толстая, граф С.В. Орлов-Давыдович, начато строительство нового кирпичного архиерейского дома. Средства помощи направили также некоторые государственные и церковные административные учреждения: Святейший Синод, Совет православного миссионерского общества и другие. Автором проекта стал выпускник Санкт-Петербургской Академии художеств Томский губернский архитектор Сергей Михайлович Владиславлев.
В 1888 году было освящено вновь построенное кирпичное трехэтажное «пространнейшее» здание. 21 сентября 1888 года Макарием Невским епископом Бийским освящена домовая при Бийском Архиерейском доме однопрестольная церковь во имя «раскола искоренителя» святителя Димитрия митрополита Ростовского, построенная на средства благотворителей. Она размещалась в третьем этаже-мезонине и была увенчана восьмигранным конусообразным куполом-шатром с небольшой главой. Таким же куполом была увенчана квадратная в основании одноярусная колокольня, связанная чердачным коридором под кровлей здания.
В новоосвященной церкви находилась одна из главных святынь Алтая — икона небесного покровителя Бийска и Алтайской духовной миссии святого великомученика Пантелеимона с частицей его святых «целебных» мощей. Как писали Томские епархиальные ведомости за 1890 год, «окрестные жители имеют особое благоговение к этой святыне и во время народных бедствий: засух, саранчи и эпидемической болезни просят для молебствия в свои жилища». С момента освящения храма церковным старостой на первое и второе трехлетие избирался бийский мещанин Василий Васильевич Ракин.
В начале ХХ века при архиерейском доме работал книжный склад. В ассортименте склада, в продаже имелись «иконы, богослужебные книги, священнические кресты, учебники для церковно-приходских школ, Троицкие и Афонские книжки и листки, а также и книги духовно-нравственного содержания».
Согласно страховой оценочной ведомости от 31 августа 1910 года, в комплекс Бийского архиерейского дома входило 11 строений:
Казанская церковь — каменная, построена в 1891 году;
Архиерейский дом — каменный, двухэтажный с мезонином, построен в 1888 году;
Дом — каменный одноэтажный, построен в 1906 году;
Дом — деревянный, одноэтажный, построен в 1905 году;
Конюшня — каменная, одноэтажная, примыкает к каменному флигелю, с кучерской избой, построена в 1906 году; завозня, амбар и конюшня — деревянные, построены в 1905 году;
Завозня, конюшня и коровник — деревянные, построены в 1905 году; Завозня — деревянная, построена в 1901 году;
Завозня, амбар и кладовая — деревянные, построены в 1883 году;
Амбар — деревянный, построен в 1902 году;
Баня — деревянная, построена в 1907 году.
Вся территория бийского архиерейского дома с хозяйственными строениями, архиерейской рощей с фонтаном и беседками была обнесена изгородью высотой порядка 2,5 м из каменных столбов и деревянных решеток-пролетов. Справа и слева от центрального входа в архиерейский дом, судя по фотографиям начала ХХ века, симметрично находились каменные парадные двухстворчатые ворота с двумя калитками по бокам.
В 1920 году Архиерейский дом, как и многие здания подворья, национализирован. 21 февраля 1920 года квартирно-жилищный подотдел при Бийском горхозе выдачей удостоверения за № 438 Бийскому отделу народного образования разрешает занять помещение церковь Архиерейского дома.
Более восьмидесяти лет здание использовалось в разных целях – общежитие опытно-показательной школы им. III Коминтерна, начальные школы имени Зиновьева и Грибоедова, автомобильный техникум, в годы Великой Отечественной войны — эвакогоспиталь, затем штаб воинской части.
В июне 2002 году Русской православной церкви возвращены бывшие здания Бийского архиерейского подворья – архиерейский дом и одноэтажный кирпичный флигель. Начались реставрационные работы. 19 сентября 2002 года Преосвященнейший Максим Дмитриев епископ Барнаульский и Алтайский в сослужении духовенства освятил кресты на купола Архиерейского дома. При большом стечении народа состоялось поднятие и установка святого креста на главный купол бывшего домового храма во имя святителя Димитрия митрополита Ростовского. Официальное распоряжение за № 979-р Правительства Российской Федерации о безвозмездной передаче в собственность Барнаульской епархии Русской православной церкви здания было подписано только 16 июля 2003 года.
В залах первого, второго и третьего этажей Архиерейского дома с сентября 2009 года разместились экспозиции музея истории Алтайской духовной миссии, который в настоящее время насчитывает более 46 тысяч экспонатов. В мезонине здания воссоздана домовая церковь бийских архиереев во имя святителя Димитрия митрополита Ростовского, установлен иконостас с иконами.
