Село Малиновка впервые упоминается в книге частичной переписи населения 1710 года как селение Поганка. Село переименовано в советское время по названию протекающей рядом небольшой речки. Православный приход в селе основан в 1785 году, а холодная однопрестольная деревянная церковь сооружена в 1868-1869 годах на средства прихожан. В 1930-х годах храм был закрыт и переоборудован под сельский клуб, который в 1950- годах сгорел.
Современная каменная церковь в честь Богоявления Господня возведена в 2005-2006 годах и представляет собой четверик, перекрытый полуцилиндрами и увенчанный луковичной главкой на низкой шейке. С востока к основному объему примыкает полукружие алтарной апсиды, а с запада небольшой притвор, над которым устроена небольшая звонница.
