Богоявленская церковь в своем первоначальном виде была построена за городской чертой, «за валом», в Свияжской конной слободе. «По народному преданию, она была одной из самых древних церквей в Симбирске, – сообщает А. Яхонтов. — И весьма вероятным кажется предположение, что одновременно с устроением около Симбирска Свияжской слободы и первым поселением в ней казаков была построена в ней и церковь Богоявленская». А. Яхонтов предполагает, что старая церковь представляет собой в общем объеме церкви 1898 года «придел во имя святого Иоанна Предтечи его позднейшие придатки, и есть первоначальная Богоявленская церковь, находившаяся в Симбирской Свияжской конной слободе».
С начала основания церковь была каменной. «В народе сохраняется предание, что самый овраг подле церкви, называемый Симбиркою, произошел от трех кирпичных сараев, в которых приготовлялся кирпич на построение Богоявленской церкви». Это вполне естественно, так как речка Симбирка вплоть до 1800 года являлась северо-западной границей города и примерно напротив усадьбы Дома-музея В.И. Ленина на ул. Ленина, ранее ул. Московская, в овраге речки Симбирки на ее южном берегу отмечено в конце XVIII века наличие кирпичных сараев.
Таким образом, историко-мемориальное значение Богоявленской церкви связано с основанием одной из первых Свияжских слобод за городским валом. В этом отношении примечательно, что в прежние времена ул. Московская доходила до Богоявленской церкви, и здесь кончалась деятельность городской управы, так как продолжение этой улицы в сторону Свияги называлось Богоявленским съездом и его благоустройством уже ведало Губернское правление. А нынешняя улица 12 Сентября в части, примыкавшей к ул. Московской, называлась Богоявленским переулком.
В последующие 1870-1880 годы историко-мемориальное значение Богоявленской церкви еще больше возросло в связи с тем, что в непосредственной близости от нее по ул. Московской в 1875-1887 годах, а также на ул. Покровской в 1877-1878 годах проживала семья Ульяновых. Мимо этой церкви в сентябре 1833 года проезжал А.С. Пушкин. 15 января 1886 года в этой церкви происходило последнее прощание семьи Ульяновых со скончавшимся 12 января 1886 года Ильей Николаевичем Ульяновым.