Единственным, сохранившимся от древнего монастыря зданием является пятиглавый Богоявленский собор, построенный в 1701 году. Поднятый на высокий подклет, массивный четверик церкви, опоясан с северной и западной сторон широкими галереями, утвержденными на мощной аркаде. С востока к нему примыкают апсиды алтарей нижней и верхней церквей и Казанского придела, устроенного в северной галерее. С западной стороны, над лестницей, ведущей на галереи, выстроена шатровая восьмигранная колокольня, утвержденная на основании кубической формы, прорезанном арками. Длина Богоявленской церкви — 19 м, ширина — 13 м и высота — 32 м.
Композиционно Богоявленский храм напоминает известные более ранние архитектурные памятники ярославского зодчества XVII века, такие как Введенский собор Толгского монастыря или Крестовоздвиженский собор Романов-Борисоглебска. Конструктивной особенностью хопылевской церкви является двухстолпие. В её интерьере своды опираются на два столпа, а не на четыре, как это принято в ярославском зодчестве XVII века. Это позволило освободить внутреннее пространство церкви и обеспечить более цельное восприятие интерьера. В то же время этот прием оказал влияние и на оформление внешнего облика. Сложная система сводов храма позволила сделать световым только барабан центральной главы, а четыре угловые — сделаны глухими. Для компенсации недостатка освещения интерьера строители отказались от устройства галереи на южной стороне, что позволило сделать здесь дополнительный ярус окон. Оформление фасадов церкви выполнено в традициях допетровской эпохи и отличается интересным своеобразием каждого фасада, обусловленного композиционными отличиями. Лишенная галереи и обращенная к Волге южная стена церкви исполняет роль парадного фасада и имеет самое богатое декоративное оформление. Широкие лопатки, делящие фасад на три прясла, пересекает междуэтажный поясок поребрика, при этом восточное прясло здесь значительно шире других. Центральная декоративная закомара прорезана нишей-киотом с килевидным обрамлением, а две другие закомары прежде имели фресковые росписи. Богатство оформления фасада дополняют оконные наличники сразу же трех типов: с одним килевидным кокошником, со сдвоенными кокошниками и со сдвоенными треугольными фронтончиками. Подобные наличники использованы и в оформлении алтарных окон восточного фасада. Здесь же продолжается и междуэтажный пояс поребрика, охватывая далее весь периметр здания.
