Поселение Пугачевское было образовано в 1811 году как казачий форпост — по приказу царя Александра I переселяли казаков из Краснохолмской и Илекской станиц Оренбургской волости. В 1877 году в бывшем имении князей Долгоруковых был основан государственный Михайловский конный завод.
Возведение церкви началось в 1880 году на территории конезавода. При строительстве храма применялся специальный раствор, который включал в себя яичный желток. Благодаря хорошему спонсированию князем Долгоруковым, строительство храма велось достаточно быстро и было завершено уже в 1881 году. Освящение церкви было проведено 30 марта 1881 года в честь святого Алексия. Храм получился очень красивый, особенно его внутренние помещения. Окна были выложены узорной мозаикой, купол расписан нежно голубой краской, по краю изображены Ангелы. А в центре купола находилось большое «око». При церкви была построена приходская школа.
Прослужил храм, к сожалению, недолго. В 1933 году храм был закрыт, в дальнейшем использован под зернохранилище. Хотя сегодня церковь и сильно обветшала, она все равно остается очень красивой и заставляет восхищаться её архитектурой. Стены церкви достаточно крепкие, а вот дерево и штукатурка — увы. В помещении почти не осталось фресок.
