Шуйское духовное училище размещалось в двухэтажных зданиях на ул. Советской с 1880 года. Церковь построена в 1884 году на средства потомственного почетного гражданина Шуи, фабриканта Василия Киприановича Рубачева. Церковь пристроена к северному торцу здания училища во дворе. На красную линию улицы прежде выходила невысокая каменная трехъярусная колокольня, сооруженная в 1895 году шуйским купцом Ф.И. Гундобиным. В 1901 году к церкви пристроен придел Федора Трихины.
Архитектурные формы здания характерны для периода эклектики, в декоре использованы элементы классицизма и русского стиля. Небольшая церковь Александра Невского имеет компактную объемную композицию. К поперечно ориентированному четверику, все фасады которого завершены треугольными фронтонами, примыкают более узкий западный притвор и пятигранная апсида. Вторая, чуть пониженная апсида, принадлежит южному приделу Федора Трихины, соединяющему храм с учебным корпусом. Основу фасадного декора составляют высокий профилированный цоколь, угловые лопатки, филенчатые на основном четверике и гладкие в остальных частях и профилированный карниз с зубчиками по нижнему краю. Крупные арочные окна обрамлены массивными наличниками со щипцовидным верхом. Вход на северном фасаде притвора отмечен ажурным металлическим зонтом. Общее количество книг в библиотеке духовного училища насчитывало около 7200 экземпляров в 1912 году. Колокольня и завершение храма, внутреннее убранство не сохранились, в помещении церкви располагался спортивный зал. До революции церковь являлась бесприходной.
В конце 1990-х годов храм передан верующим. Является подворьем Николо-Шартомского монастыря на территории Шуйского Государственного Педагогического университета.
