Упраздненный, согласно указу Харьковской Духовной Консистории, древний больничный храм представлял собою небольшую комнату, где ныне помещается швейная мастерская для душевнобольных и был настолько тесен, неблагоустроен, что при небольшом стечении молящихся в нем трудно было дышать. Многие больные не выносили удушливой атмосферы и часто падали в обморок; посещать храм больных отпускали по очереди. Естественно, что вопрос о построении нового более обширного и гигиенически устроенного храма был острым и расширение его являлось насущнейшей нуждой, почему еще о. Г. Беляев неоднократно ходатайствовал пред гласными об этой вопиющей нужде. Этот вопрос несколько раз даже дебатировался на земских собраниях, но дальше печати, разговоров и платонических пожеланий все эти суждения не шли. Первым инициатором, положившим твердый камень в св. дело построения храма, явился член Губернской Управы Леонид Дмитриевич Лесевицкий, который близко стоял тогда к больнице, воочию видел все нужды больничной церкви и в очередном Губернском Собрании 1900 года первый поднял вопрос об основании фонда в 10.000 руб. на постройку отдельного храма с тем, чтобы эта сумма образовалась в течении 10 лет, ежегодно откладывая 1000 р.
Сделав это предложение, Л.Д. Лесевицкий твердо и энергично отстоял его. Первый камень св. делу был положен и светлая радостная надежда дана. Быстрый рост больницы, масса жаждавших молитвенного утешения больных и служащих, теснота церкви, в которой тухли свечи и ежеминутно падали в обморок больные, побудили причт просить Губ. Управу ходатайствовать перед Губ. Собранием об ускорении постройки храма. Новая Управа, соглашаясь в принципе ускорить это дело, обратилась в Правительство с просьбой прийти на помощь земству, но получен был отрицательный ответ. И без того слабые надежды на скорое построение отдельного храма еще более начали теперь угасать. В 1904 году причт больничной церкви снова представил свое ходатайство на имя Губ. Управы, поддержанное больничным советом об ассигновании 12.000 р. на постройку нового отдельного храма. Благодаря поддержке председателя Управы Василия Григорьевича Колокольцева.
Управа постановила в своем коллегиальном заседании возбудить ходатайство пред Губернским Земским Собранием об ассигновании просимой суммы, дабы ознаменовать 75-летний юбилей больничного храма построением нового храма, в каковом духе и представлен был печатный доклад Губернскому Собранию 1904 года. Гласные, отныне приснопамятного для Сабуровой дачи, Губернского Земского Собрания, без прений, единогласно постановили просьбу насущную удовлетворить, с тем, чтобы с ранней весны приступить к постройке нового храма. Только теперь давнишние мечты больных, служащих и окрестных жителей стали осуществляться.
Весной 1905 года приступлено было к кирпичной кладке нового храма по проекту Михаила Ивановича Ловцова, который и руководил работами и, как человек очень церковный, старался с особою любовью осуществить это св. дело. Но ассигнованная сумма оказалась недостаточной, чтобы осуществить широко задуманный план и храм окончен был только вчерне, на половину покрытый железом. В 1906 году весной причт просил Губ. Собрание ассигновать 1009 руб. на докрытие крыши, не рассчитывая на большую сумму, чтобы окончить его, так как бушевавшие волны революции с их антицерковным течением тяжело ударялись и в тихой пристани страждущих и болящих. Поднятые революционными волнами на трибуны ораторы иного лагеря громко провозглашали нафанатизированной толпе свои проекты, среди которых тяжелой болью отзывался проект и об отведении церкви чуть не под конюшни и цейхгаузы. Провожая убитых на место вечного упокоения под звуки церковных песнопений, прерываемых песнями марсельезы и др., причт с тяжелыми думами взирал на неоконченный храм. В 1906 году причт снова обратился в Губернское Собрание чрез Управу с просьбой ассигновать 7000 руб. на окончание сооружения храма. Губернское Собраниe ассигновало просимую сумму, и начатое дело построения храма, окончено было к 23 ноября 1907 года.
22 ноября 1907 года в 6 час. вечера при огромном стечении молящихся торжественно совершено было настоятелем церкви о. М. Слуцким в сослужении диакона Железнева и соборного диакона Олейникова первое всенощное бдение. После ветхого, темного храма больничного корпуса богослужение в новом благолепном храме было поистине умилительное. 23 ноября в 9 часов утра новый храм торжественно был освящен Высокопреосвященнейшим Арсением Архиепископом Харьковским и Ахтырским в сослужении причта и Соборного духовенства при протодиаконе В.Д. Вербицком. После освящения совершена была Его Высокопреосвященством и первая Литургия, во время которой Архипастырь обратился с глубокопрочувствованным и назидательным словом. В конце молебна покровителю храма св. бл. Александру Невскому протод. Вербицким провозглашены были многолетия Государю Императору, св. Синоду и Высокопреосвященнейшему Арсению, и „строителям и созидателям св. храма сего — гласным Харьковского Губернского Земства». На богослужении присутствовали: Губернский Предводитель Дворянства Н.А. Ребиндер, А.А. Венике, П.И. Плещеев. С.А. Задонский, П.Р. Ферхмин, врачи и масса болящих и служащих.
