Михайловский дворец устроен по плану архитектора Росси и окончен в 1825 году. Церковь помещается в верхнем этаже юго-восточного конца дворцового здания. Она построена вместе с дворцом.
По смерти великого князя Михаила Павловича, великой княгине Елене Павловне угодно было устроить во дворце походную церковь. А потому, в 1851 году, с высочайшего разрешения, походная церковь во имя св. равноапостольной Елены поставлена по одной линии с комнатами ее высочества, на западной стороне главного дворцового здания.
Когда учреждена была Крестовоздвиженская община сестер милосердия, близ Калинкина моста, то походная церковь св. Елены 22 июля 1859 года передана в общину, а во дворце, на том же месте, поставлена другая церковь, также во имя св. Елены.
Из святынь замечательны следующие в церкви св. Архистратига Михаила: Положение во гроб Спасителя — запрестольный образ работы Монти и образ Богоматери с предвечным младенцем над жертвенником, искусно вытканный на шпалерной мануфактуре. В походной церкви св. Елены замечательны: запрестольный образ Господа во храме, с Иосифом и Мариею, осеняемых Богом Отцом, Духом Святым в виде голубя и ангелами, с орудиями страданий Господа; на боковых дверях — лики архангелов Михаила и Гавриила, работы Неффа.
Причт церкви всегда состоял из священника, диакона и двух псаломщиков. Причт получает содержания: протоиерей 1121 руб., диакон 657 руб., псаломщики по 348 руб. Кроме того, от конторы императорского двора священник и диакон получают рясные деньги, а псаломщики — певческое польское платье. Протоиерей и один псаломщик имеют квартиру в здании дворца, с отоплением и освещением; диакон получает, из гофмейстерских сумм, 142 руб. 86 коп. на квартиру и денег на 32 сажени дров; на освещение ему в год дается 88 руб. 20 коп. Второму псаломщику на дрова и освещение выдается 180 руб. в год.
«Историко-статистические сведения о С.-Петербургской епархии». Выпуск 7, Санкт-Петербург, 1883 г. Типографии Департамента Уделов (Моховая ул., д. № 36).