Построенная на территории Таврической водопроводной станции, Преображенская часовня предназначалась для освящения воды, поступающей в учреждения и жилые дома Санкт-Петербурга. Работы по возведению часовни, проект которой был выполнен архитектором В.А. Липским, велись на добровольные пожертвования рабочих и служащих столичного водопровода, а также за счет безвозмездных вкладов жителей города. Часовня была освящена 21 ноября 1901 г. Главная святыня часовни — икона Преображения Господня — была утрачена в 1920-е гг., сама же часовня до недавнего времени использовалась в качестве трансформаторной будки.
Работы по возрождению Преображенской часовни велись в 1999-2000 гг. под руководством генерального директора «Водоканала» Ф. Карамзинова и главного инженера Д. Шевченко. Как и сто лет назад, средства на неё собирали рабочие и служащие предприятия. В первую очередь предстояла очень ответственная задача — перенос часовни на новое место на углу Шпалерной улицы и Водопроводного переулка. Столь уникальная инженерная операция, выполненная впервые в истории Петербурга и Русской Православной Церкви, потребовала спроектировать и изготовить специальную траверсу-контейнер для снятия часовни со старого фундамента, установки краном на трейлер и перевозки на 300 м по специально проложенной для этого временной дороге. Поставив часовню на новый фундамент, специалисты провели полную реставрацию ее кирпичной кладки, известковых карнизных плит, гранитных блоков цоколя и ряда других мест. Часовня восстановлена и будет служить своему прежнему предназначению — освящению воды для петербуржцев.
В период реставрации часовни по заказу Водоканала была написана икона Преображения — список с работы преподобного Феофана Грека XIV в., находящейся в Третьяковской галерее — такая же как и в прежней часовне. «Водоканал» отнесся к делу настолько серьезно, что решил освятить ее на Святой Земле. Поскольку чудо Преображения Господня случилось на горе Фавор, икону доставили в греческий Преображенский собор. Действо случилось 29 апреля 2000 г. в день Великой пасхальной субботы. 4 сентября 2000 г., после окончания восстановительных работ, часовня была вновь освящена Митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром.