Иоанно-Богословский мужской монастырь был основан святителем Ионой, епископом Пермским, в 1462-1463 годах в Чердынском крае, будущей Пермской губернии, близ того места, где впоследствии возник город Чердынь.
Со времени основания монастыря ему покровительствовали Великопермские князья, ими были пожертвованы монастырю немалые земельные угодия. После сведения Великопермских князей с княжения и высылки их из Перми Великой, Иоанно-Богословский монастырь не остался без высокого покровительства самого Государя всея Руси Иоанна IV Грозного. Монастырю были даны особые привилегии: по царской грамоте запрещено было наместникам судить монастырскую братию, притеснять монастырских крестьян. Последним подтвердил эти привилегии в 1623 году царь Михаил Федорович.
Первая подробная опись монастыря и его владений была сделана в 1623 году. Монастырю тогда принадлежали 6 деревень и двор в селе Кольчуг и, кроме того, обширные рыбные ловли.
Богословский монастырь был известен далеко за пределами Перми Великой. Вклады в монастырь в XVII-XVIII веках делали не только жители Чердыни, Соликамска, Усолья, но и Вятки, Великого Устюга, Верхотурья, Сольвычегодска. Княгиня Е. Дашкова пожертвовала в 1697 году в монастырь Казанскую икону Богородицы. В 1718 году в монастыре была построена новая каменная двухпрестольная церковь. В 1764 году Екатериной II была проведена церковная реформа, в результате которой были закрыты многие монастыри и церкви. Не избежал этой участи и Иоанно-Богословский монастырь — в 1764 году он был оставлен на собственном содержании, в результате чего пришел в совершенный упадок и был закрыт в 1784 году. Монахи были переведены в другие монастыри, а вотчины отошли к Троице-Сергиевой Лавре. В 1910 году епископ Палладий Пермский и Соликамский получил от местных именитых людей и православного общества просьбу о восстановлении этой древней обители. Он с сочувствием отнесся к этому ходатайству и препроводил его в Санкт-Петербург в Святейший Синод. 12 ноября 1911 года владыка Палладий вручил посох нововозведенной в игумении монахине Руфине, и 13 ноября того же года игумения Руфина в сопровождении семи сестер выехала из Перми в Чердынь.
Восемь лет потрудилась мать игумения Руфина над восстановлением и устроением этой обители. В 1914 году грянула Первая мировая война и монастырь сделал свой вклад — помимо неустанных ежедневных молитв, обитель производила сбор вещей для отправки на фронт. Сверх того, обитель создала приют для сирот воинов, погибших на войне. К 1917 году в приюте находилось 75 детей.
С началом революционной смуты в 1917 году монастырь подвергся гонениям безбожников. Игумения Руфина была арестована большевиками, но город вскоре заняли белые части и она была освобождена. Но уже в 1919 году, с отходом белых частей, игуменья в сопровождении четырех сестер покинула монастырь и вступила на путь беженства. Через несколько месяцев монахини добрались до Новониколаевска, где их «путешествующая обитель» с помощью добрых людей приняла 150 детей в приют и ясли и получила разрешение на создание Марфо-Мариинской общины. Но это начинание не получилось и игумения Руфина, послушница Августа и еще одна послушница были вынуждены ехать на Дальний Восток. В июне 1923 года монахини-странницы добрались до Харбина в Маньчжурии, где в 1924 году основали монастырь в честь Тихвинской иконы Божией Матери, продолживший русскую монашескую традицию в зарубежье.
В 2004 году Чердынский монастырь вновь был открыт как мужской. В настоящее время там ведутся восстановительные работы.
