Конкурс на проектирование часовни-памятника был объявлен в 1999 году. Он проходил в два тура. Всего участвовало десять проектов. Лучшим признали работу архитектора Г. И. Виноградова при участии А. Порозова.
Первоначально для расположения часовни-памятника предполагалось использовать небольшую треугольную площадку между улицами Маяковского и Бурмагиных и рекой Вологдой. Позднее было решено перенести ее ближе к Софийскому собору на территорию между парком ВРЗ и рекой Вологдой.
Закладка часовни состоялась 7 января 2001 года – в день Рождества Христова.
В архитектуре часовни легко угадываются формы древнерусского зодчества XIV-XV веков, что роднит ее со стоящей поблизости Софией. Часовня имеет три сквозные стены, а на четвертой – мозаичное изображение Владимирской Божией Матери с младенцем, выполненное художником Владимирским. Вход в часовню закрыт коваными решетками, изготовленными по эскизам архитектора А. В. Борисовского, который является и автором эскиза креста, выполненного методом горячей ковки с элементами выколотки и декоративной чеканки. Территория вокруг часовни благоустроена.
Строительство часовни велось на пожертвования жителей города Вологды, предприятий и организаций, а также приходов храмов Вологодской епархии. Освящена часовня 7 июля 2002 года при большом стечении публики. В нишу бетонной скамейки, закрытую информационной табличкой, помещена на вечное хранение металлическая капсула со списком фамилий всех жертвователей.
Часовня приписана к Покровскому Архиерейскому подворью. Службы проводятся по праздничным дням на площадке возле часовни-памятника.