Рядом с собором, с восточной его стороны, находился фамильный некрополь князей Пожарских и Хованских. В 1642 году здесь был похоронен князь Дмитрий Пожарский, герой борьбы с польско-литовскими войсками. В некрополе в XVII веке была поставлена часовня-усыпальница, палатка родителей. В XVIII веке после указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель некрополь был разорен разгневанной братией, а часть плит пущена в ход как строительный материал. Тогда же была разрушена и часовня. Только после Отечественной войны 1812 года имя князя Д.М. Пожарского снова вспомнили.
В 1818 году был открыт памятник Минину и Пожарскому на Красной площади, и была высочайше утверждена специальная комиссия по обнаружению останков князя. В 1852 году ученый-историк и археолог граф А.С. Уваров обнаружил в Спасо-Евфимиевом монастыре захоронение Пожарских. Новая усыпальница, мавзолей Пожарских, была построена в 1885 году по проекту архитектора Горностаева. В 1933 году усыпальница была разобрана, часть плит каррарского мрамора отправилась в Москву. Практически все иконы и прочее внутреннее убранство было утрачено. Только в 1974 году приблизительно на ее месте была поставлена плоская плита с барельефом Д.М. Пожарского.
В 2008 году раскопки в монастыре возобновились. Бетонная плита советских времен была снята и передана детской школе-интернату Кадетского корпуса им. Д.М. Пожарского в городе Радужный Владимирской области. Мавзолей Пожарских был восстановлен по обмерам, чертежам и фотографиям, в большом количестве сохранившимся в архивах. В полном объеме воссоздан резной декор фасадных стен по рисункам из архивов. Бронзовая дверь с барельефом и горельефом выполнены в мастерских Российской академии художеств. На главном фасаде установлена копия мозаичной иконы Спаса Вседержителя. Новый мавзолей поставлен не на месте прежней усыпальницы, а немного дальше от апсид собора.
