Деревня Рагуново некогда располагалась на одноименном острове в центральной части озера. Никольская часовня в бывшей деревне Рагуново датируется ориентировочно началом XIX века. Первоначально она состояла из основного сруба и небольших сеней. Молитвенное помещение имело два одинаковых трехкосящатых окна – северное и южное. Они сохранились без переделок. Сени были без окон и освещались только через приоткрытую дверь. Основное помещение и сени имеют общее рубленое покрытие. Первоначально кровля была традиционная по потокам и курицам, о чем свидетельствуют следы от двух куриц на верхних венцах. Завершалась часовня, видимо, просто крестом. Крыльца, судя по отсутствию следов на западной стене, не было вовсе.
На втором строительном этапе стены Никольской часовни были обшиты широкими досками с профилированным краем, прибитыми коваными гвоздями. По-видимому, это было сделано в 1880 году, о чем свидетельствует надпись на наличнике, сохранившемся от дверного проема. Скорее всего, на этом же этапе кровля по потокам и курицам была заменена простой тесовой, крепящейся на таких же кованых гвоздях. Видимо, было устроено и какое-то крыльцо, поскольку в конструкции позднейшей пристройки был обнаружен вторично использованный резной столб. Облик памятника на втором строительном этапе оставляет много неясностей.
На последнем строительном этапе в начале ХХ века сени были расширены за счет того, что выпилили их западную стену и сделали каркасную пристройку. На южной стене пристройки было сделано одно окно. Новый вход осуществлялся через широкий проем с лучковой верхней перемычкой и двухстворчатыми дверями. Перед входом было устроено открытое крыльцо с тонкими резными столбиками и двухскатным покрытием. Похоже, что на последнем строительном этапе появилась и главка. Часовня также имела ограду, не сохранившуюся до наших дней, но детально просматривающуюся на той же старой фотографии. Ее местоположение прочитывается по ряду вросших в землю валунов.
В 2011-2013 годах была сделана реставрация Никольской часовни. Финансирование работ проводились в основном на средства В.И. Егорова. Организационные работы, заготовку материалов взял на себя Национальный парк и лично заместитель директора В.М. Гудым. Работы выполнялись плотниками из г.Онеги В.И. Казаковым, С.В. Головченко, В.И. Рогачевым и местным жителем В. Белым.
