По указу императрицы Екатерины II от 1771 года воспрещались захоронения у приходских церквей в черте города и велено было устраивать городские кладбища за его чертой. В 1775 году открыто Петропавловское кладбище с каменной церковью, существующей ныне. В 1891 году по проекту архитектора Федора Васильевича Рыбинского построена каменная ограда с двумя каменными часовнями, во имя Святителя Николая, в память спасения жизни наследника престола Николая Александровича в Японии и во имя Преподобного Сергия.
По книге протоиерея Олега Пэнэжко «Храмы и монастыри города Коломны»
В конце 1960-х годов и начале 1970-х годов кладбище окончательно упразднили. Место, где были похоронены многие известные коломенцы, в том числе и родственники святителя Филарета Дроздова, сравняли бульдозером. В 1970-е годы было снесено ещё несколько архитектурных памятников кладбищенского комплекса, двухэтажный дом причта и богадельня XVIII века, а также одна из трёх часовен ограды.
Православная община храма Петра и Павла зарегистрирована в 1997 году. В 2003 году общине были переданы две уцелевшие часовни, во имя святителя Николая Мирликийского Чудотворца и преподобного Сергия Радонежского, в которых периодически стали совершаться молебны и панихиды.
