Митрополит Алексий Московский родился в Москве на рубеже XIII—XIV веков в видной боярской семье и в крещении получил имя Симеон. Крестным отцом его стал молодой княжич Иоанн, будущий великий князь Московский Иван Калита. Впоследствии крестному отцу и его крестнику суждено вывести родной город на первые роли на Руси, сформировав именно здесь объединительный центр раздробленной страны, стонавшей под чужеземным игом.
Во сне будущий Митрополит Алексий Московский услышал голос, молвивший, что тратит отрок время на труды пустые, ловя птиц, в то время как его предназначение — «ловить людей». С тех пор и стал Елевферий часто бывать в церкви.
Святитель Алексий уже в 19 лет принял монашеский постриг от старшего брата преподобного Сергия Радонежского игумена Стефана. Произошло это в Богоявленском монастыре, тогда являвшемся загородным, а ныне находящемся в самом центре столицы, на территории Китай-города.
Монах Алексий отличался прекрасными способностями, и, достигнув сорокалетнего возраста, он стал считаться официальным преемником престарелого митрополита Киевского Феогноста. Надо заметить, что титул «Киевский» к тому времени носил уже чисто номинальный характер, а митрополиты с 1325 года жили в Москве.
В 1354 году епископ Алексий отправился в Константинополь, где в те времена русские первосвятители проходили процедуру их утверждения. Вселенский Патриарх одобрил его выдвижение в митрополиты в виде исключения — тогда еще большинство русских предстоятелей Церкви выбирались из греков. Патриарх Константинопольский Филарет возвел Алексия в сан митрополита Киевского и всея Руси.
На обратном пути из своего второго путешествия в Константинополь (предпринятого для разрешения спора с отделившейся от Киевской митрополии Литовской митрополией) святитель Алексий попал в сильную бурю и дал обет в случае спасения основать в Москве обитель. Так в столице появился прославленный впоследствии Спасо-Андроников монастырь.
Вернувшись на Русь, митрополит Алексий действовал энергично — ставил новых епископов, боролся с внутрицерковными нестроениями, собственными деяниями показывал пастве пример христианской жизни. Именно при нем резиденция русских митрополитов была перенесена из Киева на северо-восток страны.
К 1357 году слухи о выдающихся достоинствах русского митрополита достигли Орды, и его пригласила, надеясь на излечение, страдавшая от глазной болезни ханша Тайдула. По молитвам святителя правительница получила исцеление и освободила Церковь от ордынских поборов. В благодарность за это святителю пожаловали землю в Московском Кремле, где располагался постоялый двор для ордынских послов. Здесь Алексий основал Чудов монастырь.
В Москве к тому времени митрополит Алексий пользовался огромным влиянием и фактически был соправителем государства. Именно по его почину в 60-е годы XIV века началось строительство белокаменного Кремля, бывшего до той поры деревянным. Помимо Спасо-Андроникова, святитель благословил основание знаменитых Чудова и Симонова монастырей в Москве, а также Введенского Владычного монастыря в Серпухове, способствовал введению практики общежительных обителей, которые в эту эпоху в разных точках страны основывали ученики преподобного Сергия Радонежского.
После смерти великого князя московского Ивана II Красного Алексий Московский взял под свою опеку его малолетнего сына Дмитрия (будущего Донского). Став фактическим правителем Руси, он постоянно решал споры удельных князей, пытаясь сплотить их между собой.
Примерно в то же время сменилась власть в Орде. Джанибека убил собственный сын, потребовавший, чтобы русские князья увеличили количество собираемой дани. И тогда митрополит Алексий Московский снова отправился в Орду, к Тайдуле. По его просьбе она взялась — и вполне успешно — уговорить сына сменить гнев на милость.
Активно участвовал митрополит во внешнеполитической деятельности Московского княжества, заключавшейся в попытках объединения русских земель для борьбы с ордынским игом. Так, он был одним из инициаторов союза Москвы с Великим Новгородом. При нем впервые стали скрепляться митрополичьей печатью договоры и соглашения между князьями. Ставил свою печать он и на других важнейших документах — в частности, определявших внутреннюю жизнь княжества.
В качестве митрополичьей резиденции святитель выбрал подмосковное Черкизово с деревянным Ильинским храмом — ближайшим к нему селом было Измайлово. Впрочем, существовало ли последнее в то время, доподлинно не известно.
Святитель окончил свой земной путь в 1378 году и был погребен близ алтаря главного храма Чудова монастыря при большом стечении народа, в присутствии великого князя Московского Дмитрия Ивановича (будущего Донского) и его сыновей. Спустя около полувека митрополита Алексия канонизировали и обрели его мощи, которые пребывали в Чудовом монастыре вплоть до начала XX века.
После закрытия и полного уничтожения обители святым мощам грозила гибель, однако, к счастью, они пережили эпоху самых серьезных гонений на Церковь и в 1947 году были помещены в Богоявленский собор в Елохове, бывший до восстановления храма Христа Спасителя кафедральным собором Москвы.