Начало XIX века знаменуется началом основания ботанического музея Казанского университета, основу которого составляет гербарий, собранный со всех уголков земного шара. В XX веке после реорганизации университетских музеев в 1991 году часть коллекций была выделена из состава кафедры ботаники и включена на правах ботанического отдела в состав зоологического музея, а с 1997 года составляет фонды Ботанического музея на базе кафедры ботаники, а ныне института фундаментальной медицины и биологии Казанского университета.
Невозможно переоценить значимость гербариев как исторических, архивных материалов, собраний систематических стандартов, незаменимых в работе по генетике, систематике, флористике, экологии. В связи с этим значение коллекции Ботанического музея выходит далеко за рамки всего Университета. Музей представляет большую ценность для всего ботанического сообщества России, поэтому ученые всей страны не раз останавливались в стенах музея, чтобы исследовать тот или иной материал коллекции. Стоит сказать, что со временем ценность образцов растет, так как коллекции невосполнимы вследствие утраты местонахождения, а образец подписан неразборчивым почерком где-то в полевых условиях, либо же происходят изменения экологии или ряд других причин. Поэтому в музее проводится инвентаризация, пополнение коллекций. Также в музее неоднократно проводятся экскурсии для студентов и школьников Казани. Но в настоящий момент экспозиция в музее отсутствует, и всю информацию о коллекции можно лишь услышать от работников музея.
На основе материалов гербария были опубликованы определители лишайников, листостебельных мхов, сосудистых растений, которые находятся на территории Республики Татарстан. Также коллекции гербария используются при выходе «Красной книги Республики Татарстан».
