В конце 30-х г.г. XIX в. жители села Болотное обратились в Духовную Консисторию с просьбой о дозволении на строительство в селе собственной церкви. 19 марта 1838 г. эта просьба была удовлетворена. Томская губернская строительная комиссия освидетельствовала грунт земли, назначенной под строение, после чего в центре села (угол современных улиц Московская и Комитетская) началось строительство однопрестольной деревянной церкви, названное во имя Св. Николая Мирликийского.
В 1911-1912 г.г. рядом со старым, обветшавшим зданием Болотнинской церкви было построено новое деревянное здание однопрестольной церкви на кирпичном фундаменте, под железной крышей. В 1913 г. старое здание было разобрано. В 1914 г. при церкви в Болотном служил настоятель Александр Николаевич Мигай, второй священник Сергей Гаврилович Коновалов, дьяк Александр Строганович Кирилов, псаломщик Евгений Николаевич Захваткин. В составе прихода было 5704 прихожанина из Болотного, Мануйлово, Саввино, Таскаево, Зудово, Н-Елбакское, Карасево, Поселья, Киряково других сел.
Приходская земля включала в себя 120 десятин. Весь причт содержался при готовых причтовых домах, жалованье о казны составляло 180 рублей, доходы от треб — до 2500 рублей. Болотнинская церковь относилась к благочинию 48 округа.
Деревянная однопрестольная церковь во имя Святителя Николая в селе Болотное была построена в 1912 г. на пересечении улиц Московского тракта и Гондатьевской (Гондатьев — Томский губернатор). До богоборческой революции служили в ней два священника, псаломщик и диакон на должности псаломщика. При церкви были причтовые дома и 120 дес. земли в селе Болотное, в деревнях Мануйлово и Зудово.
Церковь попечительствовала над церковно-приходской школой при станции Болотное, железнодорожным училищем и ремесленной школой в селе Болотное. Из документов стало известно, что церковное попечительство существовало с 1825 г., священник о. Александр (Николаев) на Болотнинском приходе был с 1909 г., прослужил до 1914 г. Вторым священником с 1912 г. был о. Сергий (Коновалов).
После революции храм передали обновленцам. А потом его совсем закрыли (Распоряжение Облисполкома № 35 от 10.02.40 г.). Церковь была отдана под склад. Позже в бывшем храме открыли кинотеатр «Победа». В 1952 г. здание сгорело.
Из истории православия на территории Болотнинского района, http://www.orthedu.ru/kraeved/15723-iz-istorii-pravoslaviya-na-territorii-bolotninskogo-rayona.html; http://rodinoved.ru/bolotnoe/istoriya/
