Богородице-Сергиева пустынь — исторически является приемником женской монашеской обители Царевококшайска — Богородице-Сергиевского нештатного общежительного монастыря, основанного в 1886 году сначала под именем богадельни, а в 1888 году переименован в женский черемисский монастырь.
В 1999 году решением Святейшего Патриарха и Священного Синода был открыт мужской монастырь Богородице-Сергиева Пустынь в Килемарском районе республики. Строительство монастыря было начато Епархией в 1997 году.
В августе 1998 года в жизни Марийской епархии произошло важное событие – впервые с 1928 состоялся крестный ход. Из Вознесенского собора г. Йошкар-Олы в обитель была принесена уцелевшая после разорения Царевококшайского Богородице-Сергиевского женского монастыря – чудотворная икона Явления Пресвятой Богородицы прп. Сергию Радонежскому, ставшая главной святыней монастыря. В обители хранятся чудотворные образы Владимирской Божией Матери, Усекновения главы Иоанна Предтечи, Иверской иконы Божией Матери. В 2003 году в обитель были привезены св. мощи святителя Нектария Эгинского.
В обители под руководством наместника архимандрита Давида Кораблева несут послушание 12 человек. За минувшие годы монастырь расстроился. Богослужения совершаются в церкви явления Божией Матери преподобному Сергию Радонежскому, построенной в традициях русского деревянного зодчества. Особенностью пустыни является то, что все постройки — храмы, жилые и хозяйственные помещения — деревянные. Кроме того ведется строительство трапезного корпуса, хозяйственного двора, изгороди обители со святыми вратами и угловыми башнями, игуменского корпуса с домовым храмом в честь усекновения главы Иоанна Предтечи.
Большое внимание уделяется благоукрашению монастырской территории, разбиты цветники, высажены деревья редких хвойных пород.
В связи с тем, что Пустынь находится в лесу, до 2006 года одной из главных проблем для монастыря было отсутствие хороших дорог. Благодаря поддержке государственных структур в настоящее время эта проблема практически полностью решена.
Важное место среди послушания братии занимает издательская деятельность. Монастырь продолжает древнюю традицию, следуя которой святые обители Руси служили центрами просвещения. В Пустыни не только готовят книги к печати, но и выполняют оригинальные переводы с греческого современных афонских подвижников. Уже изданы на русском языке и распространяются по обителям России письма старца Иосифа Ватопедского. По благословению святогорцев проведена работа над переводом на греческий язык жития прп. Сергия, игумена Радонежского. Перевод был передан игумену Афонского Ватопедского монастыря для издания. В 2007 году был переведен труд игумена Афонского Иверского монастыря Василия «Входное».
