Ильинская приходская церковь в Тюмени впервые упоминается в 1586—1587 годах. В 1620 году настоятель Никон основал при церкви женскую монашескую общину. Она просуществовала до 1765—1767 годов, когда была преобразована в приходскую Успенскую церковь. За всё время существования обитель неоднократно меняла своё название — Успенская, Ильинская, Алексеевская.
21 июня 1773 года была освящена однопрестольная приходская церковь, получившая название во Имя Ветхозаветного Пророка Илии. Через 60 лет, 3 июня 1833 года, был заложен фундамент нового каменного здания во имя Покрова Пресвятой Богородицы. 24 апреля 1837 года была освящена каменная построенная двухъярусная колокольня, в которой повесили шесть колоколов.
В 1884 году с северной стороны храма был построен новый Покровский придел, а старый придел был объединён с Ильинским приделом аркой. Строительство было профинансировано на средства пароходчика Ивана Ивановича Игнатова и прихожан. В апреле 1894 года — ноябре 1895 года в храме прошёл капитальный ремонт. Проект предусматривал перестройку главного купола и колокольни в русско-византийском стиле, установку нового иконостаса в главном приделе в стиле эпохи Ренессанса, а также обновление каменного пола и роспись стен живописью. 12 ноября 1895 года Пророко-Ильинская церковь была освящена.
25 января 1893 года в приходе была открыта церковно-приходская школа. Она действовала до 1918 года, когда была закрыта советской властью.
В июне-сентябре 1925 года тюменцы провели капитальный ремонт храма. А 26 января 1930 года Ильинская церковь была закрыта, верхние ярусы колокольни разобраны, кресты и купола — сняты.
В 1935 году здание бывшей церкви было передано под ломбард, а с 1942 года по 2002 год здесь размещался Тюменский ликёро-водочный завод «Водликёртрест».
13 марта 2002 года Священный Синод удовлетворил прошение архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия Капалина об открытии Ильинского женского монастыря в Тюмени.
В 2003 года церковь была возвращена верующим для организации женского монастыря, приход был организован 20 января 2003 года. В том же году в июле-августе храм «Богородично-Рождественского придела» прошёл ремонт, а первое в нём богослужение состоялось 20-21 сентября 2003 года.
4 мая 2017 года переименован из Ильинского в Богородице-Рождественский монастырь.
В монастыре создано негосударственное образовательное учреждение Детский дом «Пансион „Отрада“», которое является приютом для сирот, богадельня для престарелых женщин и швейная мастерская для обучения молодёжи.
Настоятельницей монастыря является монахиня Нина Схулухия.
