История храма начинается с Свято-Троицкого молитвенного дома, на территории которого и воздвигнут нынешний храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Усадьба, на территории которой находится храм, принадлежала зажиточной семье. В годы революции хозяев раскулачили, а дом с постройкой отошел государству. Уже после войны, когда настала сталинская оттепель, потихоньку стали разрешать людям открыто исповедовать православную веру. Тогда благочестивый христианин Михаил купил эту усадьбу у государства и подарил церковной общине. Дом освятили под церковь в честь Пресвятой Троицы.
В 1986 году молитвенному дому потребовался капитальный ремонт. В это время настоятелем Свято-Троицкого молитвенного дома был о. Алексий (Довгаль), человек хозяйственный и предприимчивый. Он предложил строить новый храм. В мае 1989 года Митрополит Харьковский и Богодуховский Никодим освятил камень под строительство нового храма и пожертвовал на строительство 1000 рублей. Многие откликнулись и помогали, кто транспортом, кто стройматериалами, кто деньгами. 13 октября 1991 года вертолетом подняли и установили купола на храме и колокольне.
14 октября 1991 года Митрополит Харьковский и Богодуховокий Никодим освятил храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Началось благоукрашение святого храма. Люди приносили старые иконы, книги, кто что сохранил из разрушенных пяти церквей города.
По материалам официального сайта Харьковской епархии
Существовавшая ранее Покровская церковь построена была в 1880 г. тщанием прихожан, каменная, трехпрестольная. Главный – в честь Покрова Пресвятой Богородицы, с правой стороны – в честь Преображения Господня, с левой – во имя пророка Предтечи Крестителя Иоанна. Прихожан муж. пола 2080 душ, жен. 2114 душ.
Жалование священнику 141 руб. 12 коп., псаломщику 29 руб. 40 коп., а диакону нет. Помещения у священника и псаломщика собственные, у диакона наемное; причт получает квартирное пособие 200 руб. в год. Причта по штату: священник, диакон и псаломщик. Имеется церковно-приходская школа, приходского попечительства нет. В состав прихода входит г. Богодухов и хутора: Гарбуховый, Москаленков и Палянишников.
Протоиерей Федор Доброславский, на настоящем месте с 1902 г. Диакон Федор Ковалев, на настоящем месте с 1895 г., состоит учителем местной церковно-приходской школы и законоучителем Воскресенского женского училища. Псаломщик Василий Попов, на настоящем месте с 1856 г., имеет медаль за 50-летнюю службу. Церковный староста крестьянин Корнилий Камышанский с 1902 г.
«Справочная книга Харьковской епархии», составил Секретарь Харьковской Духовной Консистории Иван Самойлович. Литография И.М. Варшавчика, Николаевская ул. дом №3, 1904 г.
