В нынешнем виде церковь построена в 1817 г., на месте двух сгоревших в ночь с 30 на 31 июля 1806 г. деревянных церквей: Благовещенской с приделом преп. Варлаама Хутынского и Преображенской, девятиглавой, с приделами Петра и Павла и св. прор. Захария. Строительство начато 13 июня 1807 г., двухэтажная, пятиглавая, имела 4 престола: в нижнем этаже – Благовещенский – освящен в 1817 г.; Евдокиевский – освящен в 1818 г.; на верхнем этаже – Преображенский – освящен в 1820 г.; Петропавловский – освящен в 1821 г. В советское время завершения сломаны, использовалась в хозяйственных целях, в настоящее время часть храма передана верующим и используется для служб.
Источник: Краткое историческое описание приходов и церквей Архангельской епархии. Выпуск 2. Стр. 96 «Слободско-Благовещенский приход»
Слободско-Благовещенский приход был основан в 1619 г., к концу XIX в. в приходе было 344 двора с населением 2829 душ. В 1641 г. Благовещенск именуется посадом, и в нем было 46 лучших оброчных дворов. В 1670 г. было 53 двора, 45 амбаров, 3 церкви: 1-я — в честь Флора и Лаврентия, построена в 1647 г., 2-я — Благовещенская, шатровая пятиглавая — в 1664 г., 3-я — Преображения, девятиглавая — в 1683 г.
Церкви Благовещенская и Преображенская сгорели от молнии 30-31/VII 1806 г. Вместо них в 1807-1817 гг. была построена новая каменная церковь — 2-этажная пятиглавая, в ней было 4 престола: Преображенский и Петропавловский; внизу — Благовещенский и Евдокиевский. Церковь была обнесена оградой из чугунного фигурного литья и прекрасно смотрелась.
В часовнях велась служба духовенством только в храмовые праздники или по приглашению прихожан. В Слободско-Благовещенском приходе было две церкви: одна 2-этажная каменная и одна деревянная; одна приписная в д. Власовской; шесть деревянных часовен в д. Осташевской, д. Кочневской, д. Рубеж, д. Рушеновской, д. Андреевской, на погосте Парфеньево — деревянная церковь.
Религиозная служба была прекращена в 1929 г.
Из книги Михеевский А. Н. История села Благовещенское. — Архангельск: Правда Севера, 1997.
Помещения церкви частично использовались под клуб, пекарню и магазин. После пожара 1962 г. клуб окончательно переехал в соседнее здание деревянной Александро-Невской церкви.