В 1826 году в селе Бетьках Мензелинского уезда образовалась община келейниц-черничек. Через шесть лет Бетькинская община стала столь многочисленной, что старшая сестра Стефанида Бычкова, в монашестве первая настоятельница монастыря – игуменья Филарета, просила епископа Аркадия Фёдорова принять их под своё покровительство и ходатайствовать перед Святейшим Синодом о преобразовании общины в монастырь с местопребыванием оного в Уфе. Вскоре было получено благословение от благочестивого старца-настоятеля Глинской пустыни Курской губернии игумена Филарета, который составил устав общины. В 1833 году последовал указ Синода, «коим требовалось сообщить соображения о способах существования предполагаемого монастыря». Стефанида Степанова, к тому времени жившая с сестрами в Уфе, приобрела на Усольской улице несколько домов на том месте, где предполагалось построить обитель. Требуемую на эту покупку сумму в 3480 рублей Степанида представила в Святейший Синод.
В 1838 году по ходатайству игуменьи Филареты и по представлению преосвященного Иоанникия Бетькинская община была переименована в Благовещенский женский монастырь. Место новому монастырю было избрано на месте старого Успенского мужского монастыря Уфы, существовавшего здесь в 1595–1764 годы. Со времени открытия женский монастырь получал ”милостинное подаяние от казны” – пособие в 300 рублей. В 1845 году ему отведено 150 десятин луговой земли за рекой Уфимкой. Ещё 400 десятин получено в дар от Якова Павловича Барсова близ деревни Глумилиной, ныне территория за Госцирком, бывший Монастырский хутор. Кроме того, монастырю подарили мельницу на реке Бири невдалеке от города Бирска.
Монастырь не был штатным, управлялся игуменьей. Поступающие сюда в среднем возрасте, не подвергаясь обряду пострижения, должны были беспрекословно послушаться её решениям. Жизнь в обители обязывала ежедневное молитвословие, самоотверженное отчуждение от всего, что существовало вне стен монастыря. Первоначально он состоял из деревянного двухэтажного дома, гостиницы для странствующих и других необходимых для служб помещений. Вместе с увеличением числа сестёр росло благосостояние обители.
Монастырь был обнесен каменной стеной с четырьмя башнями. Отштукатуренные, обеленные и покрытые тёсом, они достигали в высоту 4,5 аршина над стенами. Каждая башня венчалась конусообразным навершием. Общая длина стен – около 800 м. С западной стороны поначалу ограда была деревянной – “из-за невозможности устройства каменной по крутому спуску”. Главные, северные ворота монастыря располагались со стороны улицы Усольской прямо под Александро-Невской церковью. Восточные были под каменной аркой; южные, деревянные, выходили на реку Белую. Кроме ворот, в монастырских стенах имелись также небольшие проходы в удобных местах. Монастырь имел неправильную форму, отдалённо напоминавшую треугольник со срезанным углом. Северной границей монастыря служила улица Усольская. Южной границею была набережная реки Белой – Золотуха, частично монастырская стена выходила прямо на набережную. После некоторого увеличения монастырской территории во в/п XIX века восточной границей монастыря стал 1-й Усольский переулок.
Изначально женской обители принадлежала ветхая деревянная церковь с отдельной колокольней. Ни времени её происхождения, ни места нахождения на сегодня не выявлено. Предположительно, это могла быть оставшаяся на месте от Успенского мужского монастыря старая церковь, или перенесенная и возвращенная с Успенского кладбища или переданная откуда-то с другого места при образовании здесь общины.
Первой по времени построения каменной церковью монастыря стал тёплый храм во имя святого благоверного князя Александра Невского, построенный в 1850-1852 годах. Он был зимним, посему – небольших размеров. Некоторое время имел придел в честь иконы Скорбящей Божией Матери, но по решению епископа Иустина от 19 июня 1897 года этот престол был упразднен. Башенка церкви венчалась крестом с изображением ангела, вырезанного из железа и устроенного в виде флюгера. Раньше этот флюгер украшал деревянную колокольню церкви Успенского мужского монастыря, находившегося здесь до 1764 года.
Примерно в 1850 году на средства горожан начали строить летнюю пятиглавую – соборную церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы – главный храм монастыря, построенный на средства уфимской помещицы Степановой. Попытка устроить в ней временное отопление закончилась катастрофой – обрушился деревянный купол. Реставрация затянулась, и лишь 24 сентября 1867 года церковь освятил епископ Филарет Малишевский. Полукаменный пятиглавый соборный храм имел два придела: правый – в честь Рождества святого пророка Иоанна Предтечи, и левый – во имя святого апостола Андрея Первозванного. До конца своего существования Благовещенская церковь оставалась холодной, служба в ней велась только летом, но в монастырском комплексе она являлась главной.
Наконец, в октябре 1897 года была освящена внове построенная третья кирпичная монастырская церковь в честь чудотворной иконы Иверской Божией Матери. Церковь была примкнута с востока к зданию первой Александро-Невской церкви, имела придел во имя святителя и Чудотворца Николая Мирликийского. Размерами Иверская церковь была крупнее Александровской, но отнюдь не подавила её, а гармонично вписалась в уже существовавший на то время историко-архитектурный ансамбль.
Из наиболее ценной утвари в монастыре хранились: напрестольный серебряно-вызолоченный, со святыми мощами, крест, переданный первому уфимскому монастырю в 1732 году; Евангелие, изданное в 1763 году. Хранился также портрет первой настоятельницы монастыря, игуменьи Филареты.
На территории обители располагалось более 20-ти различных жилых и служебных корпусов. В основном они были или полукаменными, или деревянными. Двухэтажные строения, как правило, обносились по периметру второго этажа галереей. В монастыре имелись свечной завод, поставлявший восковые свечи на всю епархию, золотошвейная, иконописная, две каретные и ковровая мастерские, просвирня, погреба, амбары, баня и прачечная. Отдельно размещались скотный двор, состоявший из конюшни и коровника, а также небольшой сад, примыкавший к северо-западной стене монастыря. Обители также принадлежали по Уфе восемь домов, в т.ч. и большое 2-этажное кирпичное здание Подворья Благовещенскаго монастыря на углу Успенской и Александровской улиц, ныне здание-памятник по ул. Комм., 50. Между Иверской и Благовещенской церквами находилось монастырское кладбище, где были похоронены все игумении, сестры, трудницы и многие благотворители монастыря, в том числе в 1914 году и жена знаменитого уфимского купца Н.К. Блохина София Николаевна.
Здание главного сестринского корпуса было построено в конце XIX века, судя по плану монастыря 1925 г.ода он показан как уже давно существующий. До этого сестры размещались по отдельным разрозненным зданиям. После построения в здании проживала большая часть монахинь и послушниц. Четыре комнаты здесь занимала настоятельница игуменья. Фактически, по высоте это здание 3-х этажное, учитывая утонувший в культурном слое первый полуэтаж. Основной этаж кирпичный, верхний – деревянный. На сегодняшний день это единственный сохранившийся и самый большой корпус монастырского архитектурного комплекса, современный адрес – ул. Сочинская, 10/1.
Поначалу штат монастыря при его учреждении был невелик: настоятельница, 15 монахинь и столько же послушниц. В начале ХХ века и до закрытия обители насчитывалось до 600 сестер. За всю историю в монастыре последовательно настоятельствовали шесть игумений. Обитель жила за счёт труда сестёр, мирянок, послушниц, инокинь и монахинь, занимавшихся различным ремеслом: шитьём золотом, серебром, жемчугом, сипелью, в приготовлении церковных облачений и других изделий.
Как и все монастыри России, Благовещенский женский монастырь занимался благотворительностью. В 1868 году открыто училище для неимущих девиц духовного звания, находившихся на полном содержании обители. В 1892 году для неимущих женщин старой части Уфы и Золотухинской слободы организована бесплатная столовая и т.д.
На территории Уфимской губернии Благовещенский женский монастырь Уфы был крупнейшим из 17-ти мужских и женских монастырей.
В первые же годы советской власти Благовещенский женский монастырь был закрыт. Игумения Клавдия расстреляна большевиками. Однако это не помешало земельному отделу Уфимского Губисполкома организовать летом 1919 года сельхозартель из 240 сестер. В 1922 году, в присутствии настоятеля Благовещенской церкви архимандрита Мартиниана и последней игумении Зосимы II, губернская Комиссия по изъятию церковных ценностей конфисковала наиболее ценные предметы церковной утвари. Одних серебряных риз взято 77. По заключенному в 1922 году договору монастырские церкви отошли к так называемой Иверской общине. В эти же годы снесли каменную часовню в память древнего Успенского монастыря, стоявшую перед Благовещенским монастырём на тротуаре Усольской улицы. Последовавший в августе 1926 года церковный раскол в общине привёл к разделу церквей. Более малочисленной группе отошла Иверская церковь, второй – Благовещенский храм и церковь Александра Невского. Таким образом, оставшееся монастырское имущество оказалось поделенным между общинами, частью монахинь, ещё продолжавших жить в обители, и рядом учреждений, занявших отдельные корпуса. Постановлением Президиума БашЦИКа от 6 апреля 1929 года, несмотря на апелляции обеих общин, Иверская и Александро-Невская церкви были закрыты. На следующий год городские власти снесли пятиглавый Благовещенский храм. Часть территории монастыря к тому времени уже занимал детский приют со школой, жилыми корпусами, пекарней и прочим.
На основе постановления БашСовнархоза от 27 августа 1936 года в помещения женского монастыря был переведён центральный аптечный склад, где он и размещался до 1990-х годов. В оставшейся части зданий женской обители впоследствии разместились больница, городской морг, поликлиника и проч. Из новых строений на монастырской земле по красной линии ул. Сочинской, которая к тому времени успела поназываться ул. М. Горького, была выстроена 2-этажная городская баня. Все здания, кроме нижеперечисленных, были снесены в течение ХХ века, особенно с 1970-х годов, причиной сноса части из них, стоявших ближе к Белой, стали оползни, вызванные береговыми работами, выборкой бельского песка и т.д.
Последним в 2009-2010 годах было снесено полукаменное полутора-двухэтажное здание монастырской пекарни, в последние десятилетие в ней были административные службы домоуправления, находившееся в 30 метрах юго-восточнее Иверской церкви. Подземная часть и фундамент здания сохранились. Хотя незадолго до сноса был разработан проект реставрации и приспособления здания пекарни.
В данный момент на территории монастыря из прежних 30-ти построек сохранилось 3:
— каменное двухэтажное сдвоенное здание Иверской и Александро-Невской церквей, современная функция – офисы различных коммерческих организаций, ул. Сочинская, 8;
— каменный двухэтажный жилой Сестринский корпус, современная функция – жилой дом, ул. Сочинская, 10/1;
— каменная двухэтажная монастырская школа, до недавнего времени поликлиника № 46, здание в затянувшемся с конца 1990-х годов процессе реконструкции, надстройки, достройки, под банк;
— проект реставрации и согласования отсутствуют, ул. Сочинская, 12. Безусловно, все они должны быть очищены от поздних наслоений и монастырская архитектурная совокупность должна быть восстановлена в первозданном виде, став украшением на восточном развороте вышеозначенной набережной панорамы города.