История Благовещенского женского монастыря начинается с 1826 года, когда в селе Бетьки Мензелинского уезда была образована община келейниц-черничек. Через 6 лет Бетькинская община стала столь многочисленной, что старшая сестра Стефанида Степанова, впоследствии первая настоятельница монастыря игумения Филарета, просила Епископа Аркадия Федорова ходатайствовать перед Святейшим Синодом о преобразовании общины в монастырь с местопребыванием в Уфе. В 1833 году последовал указ Синода, «коим требовалось сообщить соображения о способах существования предполагаемого монастыря». Стефанида Степанова, к тому времени жившая с сестрами в Уфе, приобрела на Усольской улице несколько домов на том месте, где предполагалось построить обитель.
В 1838 году Святейший Синод издал указ об открытии в Уфе Благовещенского трехклассного женского монастыря. В 1845 году ему отведено 150 десятин луговой земли за рекой Уфимской. Еще 400 десятин получено в дар от Якова Барсова близ деревни Глумилиной. Кроме того, монастырю подарили мельницу на реке Бирь невдалеке от города Бирска. В состав монастыря входили церковь Александра Невского 1852 года, церковь в честь Благовещения Богородицы 1850 года, церковь в честь чудотворной иконы Иверской Божией Матери 1897 года. Монастырь был окружен каменными стенами с башнями по углам.
В начале ХХ века и до закрытия обители в ней насчитывалось около полутора тысяч сестер. В 1868 году открыто училище для неимущих девиц духовного звания, находившихся на полном содержании обители. В 1892 году для неимущих женщин старой части Уфы и Золотухинской слободы организована бесплатная столовая.
В первые годы советской власти Благовещенский женский монастырь был закрыт, хранящиеся в нем ценности конфискованы, здания монастыря в Уфе заняли аптечные склады, поликлиника, бани. В 1930 году снесен пятиглавый Благовещенский храм.
Благовещенский женский монастырь вновь открыт в Уфе 27 сентября 1995 года ходатайством управляющего епархией епископа Уфимского и Стерлитамакского и утвержден Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексеем II. В марте 1998 года Благовещенский женский монастырь был переведён в г. Стерлитамак на территорию Никольского кафедрального собора. В настоящее время Свято-Никольский кафедральный собор относится к Благовещенскому женскому монастырю. На территории обители располагается храм святого великомученика Феодора Стратилата, малый крестильный храм.
