Идея строительства часовни родилась еще в 1990-х годах, когда на улице Советской наткнулись на расстрельное место. В 1990 году строители обнаружили страшную находку: за один раз из-под земли тогда подняли 68 человеческих черепов с одинаковым отверстием в затылочной части. Через год на месте массовых расстрелов появился Камень скорби. Тогда и заговорили о часовне, но дальше установки Камня скорби дело не пошло. Однако в 2010 году решено было построить памятную часовню. Сама часовня в честь невинно убиенных построена практически без проекта. Был лишь эскиз 1909 года томского архитектора барнаульской часовни иконы Божией Матери «Достойно есть», которую «благополучно» разрушили в советское время. На выделенном участке разместится не только часовня – сюда же планируется перенести Камень скорби.
