Бело-Бережская обитель основана в 1714 году как Бело-Бережский Предтеченский Скит в урочище Белые Берега Брянского уезда Орловской губернии, в живописном предместье города Брянска, монахом Серапионом, в схиме Симеоном (+1741). 9 февраля 1721 года последовал Указ императора Петра I об устроении вместо Скита Пустыни, назначении ее строителем монаха Серапиона и построении в ней деревянного храма в честь Рождества Святого Иоанна Предтечи. В 1755 году вместо деревянного был воздвигнут каменный двухэтажный четырех-Престольный храм во Имя Святой Живоначальной Троицы с приделами: Владимирской иконы Божией Матери; Святителя Николая Чудотворца и Рождества Святого Иоанна Предтечи.
В 1777 году Пустынь была упразднена и приписана к Брянскому Петро-Павловскому монастырю. В 1800 году начальником Пустыни был назначен ученик Афонских и Молдавских старцев старец Василий (Кишкин, +1831), который стал возобновителем обители. В 1804 году Пустынь была вновь включена в штатные монастыри на своем содержании, настоятель ее носил титул строителя. С 1804 по 1808 год строителем обители был Преподобный Лев Оптинский. В 1847-1856 годах была возведена каменная пятиярусная колокольня с часами, а в 1878 году в монастыре освятили новый пятиглавый двухэтажный каменный соборный храм в честь иконы Божией Матери «Троеручица». При Пустыни был устроен Скит с деревянным храмом. К 1916 году в монастыре было 9 храмов и 32 корпуса: настоятельский, братские, трапезные, больничный, гостинный, странноприимный, различные мастерские (иконописная, бондарная, слесарная, маслобойная и др.), конный и скотный дворы. В середине XIX века в обители подвизалось около 200, а к 1916 году — около 400 человек братии.
Главной Святыней монастыря была икона Божией Матери «Троеручица». Этот образ был принесен в Пустынь строителем старцем Серапионом 12 июля 1824 года. От него источались многие чудотворения. В праздничные дни Пустынь посещало до пяти тысяч Богомольцев. Обитель славилась безвозмездным гостеприимством, в голодные годы безплатное питание предоставлялось 300-400 неимущим. Монастырь имел большую библиотеку и архив. В 1918 году началась конфискация имущества обители. Братия объединилась в трудовую коммуну и продолжала совершать Богослужения. С 1920 года в стенах монастыря разместилась детская трудовая колония, и из обители выселили всю братию. С 26 июля 1924 года в обители прекратилось Богослужение. Все монастырские храмы были разрушены, на месте Соборного храма в честь иконы Пресвятой Богородицы «Троеручица» построено здание детского санатория. От монастырской ограды осталась одна башня и небольшой участок стены, разрушена также большая часть монастырских корпусов.
Территория монастыря с находящимися на ней постройками и коммуникациями передана Брянской Епархии 14 января 2004 года. Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 17 августа 2004 года (Журнал № 42) мужской монастырь Бело-Бережской пустыни в честь Рождества Предтечи и Крестителя Господня Иоанна был возобновлен. Настоятелем назначен иеромонах Глеб (Шматов). В настоящее время на территории Пустыни Брянской Епархией ведутся ремонтно-воcстановительные работы.
