Идея создания музея народной культуры на Белгородчине, в крае, богатом песенными и фольклорными традициями, сохранившем прекрасные образцы традиционной одежды, принадлежит Андрею Владимировичу Кулабухову, более 20 лет возглавлявшему управление культуры области.
В апреле 1997 года по предложению управления культуры администрации области был сформирован авторский коллектив по созданию нового музея – Музея народной культуры Белгородского центра народного творчества. Для этого в мае 1996 года было выделено здание бывшего клуба «Строитель».
Помещение было в запустении, требовало больших материальных вложений на реконструкцию и приведение его в надлежащий вид. Для оплаты ремонтных работ и работ по созданию экспозиции использовались все виды финансовых расчётов, существовавших в те годы: взаимозачёты, векселя и просто добрые отношения белгородцев к созданию музея.
Параллельно с реконструкцией здания шла усиленная научно–исследовательская и собирательская работа. Коллекции традиционной крестьянской одежды, которую в течение многих лет собирал Белгородский государственный центр народного творчества, для создания полноценной экспозиции было недостаточно. Нужны были экспонаты, отражающие историю народной культуры во всей полноте. Администрация области изыскивает средства на командировки, экспедиции по области, на закупку предметов не только старины, но и произведений современных мастеров декоративно-прикладного искусства.
Первым директором музея стала Шатерникова Надежда Ивановна – Заслуженный работник культуры. В 1998 году к оформлению экспозиции привлекаются московские художники-дизайнеры, которые вместе с научными сотрудниками музея провели все работы в рекордно короткий срок, работая, без преувеличения, по 20 часов в сутки.
Торжественное открытие музея состоялось 29 мая 1999 года. На протяжении всех последующих лет велась активная работа по комплектованию предметов народной культуры. Теперь фонд музейных предметов насчитывает свыше 23 тысяч единиц.
19 ноября 2004 года постановлением правительства Белгородской области № 159-пп было принято решение о создании Белгородского государственного музея народной культуры.
В 2010 году музей получил в оперативное управление новое здание, памятник архитектуры регионального значения на Гражданском проспекте, 61. В 2015 году по решению Губернатора Белгородской области Е.С. Савченко начались работы по восстановлению памятника архитектуры.
История этого здания всегда была связана с культурой и искусством. Когда-то здесь находились один из первых синематографов «Орион», городской театр, культпросветучилище и художественный музей. Этот зал помнит и одни из первых в городе сеансы кинематографа, и гимназические балы, и благотворительные вечера, и революционно-агитационные постановки. Здесь горожане рукоплескали великим русским актерам Игорю Ильинскому, Вере Марецкой, Рине Зеленой, Алле Тарасовой, Клавдии Шульженко и многим другим.
В январе 2015 года директором музея стала Спиридонова Елена Викторовна. С ее приходом начался новый этап в жизни учреждения. Предстояла большая работа по созданию экспозиции в новом здании. Для разработки художественного проекта и концепции нового музея были привлечены художники-экспозиционеры из г. Санкт-Петербург Олег Николаев и Мария Коростелева. Художественный проект новой экспозиции, выполненный бюро «АртТерра», был утвержден Губернатором области в 2016 году. С этого момента началась кропотливая работа по монтажу новой экспозиции на двух этажах здания.
Параллельно с этим велась работа по переезду музея в новое здание. Сначала началось перемещение фондов музея, а вслед за ними отправились и сотрудники музея осваивать новые территории будущей активной работы.
В связи с особенностями расположения экспозиционных разделов открытие основной экспозиции проходило в два этапа. В декабре 2018 года для белгородцев был открыт третий этаж, где расположились экспозиционные разделы «Улица уездного города» и «Дом в старом Белгороде». А в 2019 году состоялась презентация новой постоянно действующей экспозиции «Мир народной культуры» на втором этаже здания.