Богадельная была построена на средства княжны Надежды Черкасской (вдовы героя войны 1812 года князя Николая Черкасского). В первой трети 19в. в этих местах были дачные поселки и выгонные поля. Княжна Черкасская купила дачу Петра Бове, построила дом с каменным фундаментом, а при доме Церковь Троицы Живоначальной. Храм был подчинен Троице-Сергиевой Лавре, окормляла его братия Лавры, здесь проводились регулярные богослужения. При храме также была устроена богадельня, при которой призревалось некоторое количество пожилых женщин — либо больных, либо обездоленных. Они были на полном содержании, имели возможность посещать храм. Вначале на иждивении проживало около 15 человек. После кончины княжны богадельню взял на свое полное обеспечение успешный купец Николай Спиридонов. Он жертвовал собственные средства на содержание богадельни, при нем количество призреваемых увеличилось. Кроме того, здесь была еще устроена ремесленная школа для девочек из неимущих семей, где их обучали труду. (материал из интервью с настоятелем храма Живоначальной Троицы Патриаршего подворья о. Александром (Антиповым)).
В 1923 году храм был закрыт, священник, протоиерей Иоанн Миловидов, репрессирован, богадельня расформирована. Уже при советской власти здание какое-то время занимал райздрав, а потом в нем разместилась поликлиника. В настоящее время храм передан Русской православной церкви.
В 1853 г. Вдова героя войны 1812 г. Николая Черкасского Надежда Черкасская (древний род Черкасских — Бековичей) приобрела на собственные средства загородную дачу у императорского архитектора Осипа Бове. Испросила письменное благословение у первенствующего Члена Священного Синода Митрополита Московского Святителя Филарета (Дроздова), чтобы устроить по утвержденной смете Храм Живоначальной Троицы и при нем богадельню для пожилых лиц женского пола, неимущественного состояния. Женщины были на полном содержании, имели возможность посещать храм. Вначале на иждивении проживало около 15 человек. В 1856 г., был построен каменный Храм, а при нем богадельня. Храм был подчинен Троице-Сергиевой Лавре, окормляла его братия Лавры. После смерти вдовы Н.Черкасской, похороненной вместе с мужем в церкви, богадельню взял на свое полное обеспечение успешный купец Николай Спиридонов. Он жертвовал собственные средства на содержание богадельни, при нем количество призреваемых увеличилось. Кроме того, здесь была устроена ремесленная школа для девочек из неимущих семей, где их обучали труду. Богадельня стала именоваться Спиридоньевским убежищем для неизлечимых больных. После смерти купца Спиридонова, захороненного в подклети алтарной части Храма, его вдова возвела в 1888 году собственными средствами придел в честь Святителя Николая Чудотворца ( архитектор Н. А. Воскресенский). Освящение придела состоялось 15 октября 1888 года. Вместо деревянных построек ею же возведены три двухэтажных кирпичных корпуса богадельни в псевдорусском стиле (арх. Машков), строительство было закончено уже в начале 20-го века. В 1893 году деревянное крыльцо церкви было заменено каменной папертью со звонницей (архитектор П. П. Зыков-сын). В начале XX века храм получил самостоятельность. С 1908 г. Богадельня руководствовалась в своем управлении Императорским человеколюбивым попечения о бедных обществом (Вел.кн. святая Елизавета Феодоровна, настоятельница Марфо-Мариинской обители).
После Октябрьской революции власти стали закрывать домовые храмы, однако богослужения в Троицкой церкви некоторое время ещё были разрешены. Чтобы не допустить закрытия храма, прихожане пытались доказать, что церковь не является домовой, так как она «помещается в здании, совершенно отдельном от богадельни Лениной-Крупской». Обитатели богадельни также направили в Бутырский Совдеп письмо с просьбой не закрывать храм. Тем не менее, 18 октября 1921 года храм был опечатан. В 1923 году храм был окончательно закрыт, богадельня упразднена, ее насельники изгнаны. Настоятель храма и духовник богадельни протоиерей Иоанн Миловидов вместе с семьей репрессирован. Помещения были отданы Дому матери и ребенка им. Крупской. Потом здесь располагалась лаборатория Лесгафта. Главы церкви были разобраны, утрачены оконные наличники. Сохранились росписи начала XX века, а также захоронения. С 1950 г в зданиях храма и богадельни располагалась районная детская поликлиника, приемное Отделение Детской инфекционной Больницы № 12 УЗ САО Москвы.
В начале 2000-х годов после многих обращений помещения храма, занимаемые детской поликлиникой, были переданы православной церкви. С большим трудом были проведены восстановительные работы, с 2003 года возобновились богослужения. С этого же времени храмовый комплекс является вновь выявленным объектом культурного наследия Москвы — здание богадельни княгини Н.А.Черкасской с Храмом в честь Троицы Живоначальной, 1857г., архитектор Н.И. Финисов, 1888 г., архитектор Н.А. Вознесенский, 1889 г., архитектор И.П. Машков. Архитектурный псевдорусский или русско-византийский стиль (Исторический музей, Черниговский скит Троице-Сергиевой Лавры и др.). В храме частично сохранились росписи начала ХХ века, а так же захоронения в цокольном этаже под алтарем.
http://holy-trinity.ru/history.html
В 1858 г. на средства кнн. Черкасских при Черкасской и Спиридоновской богадельнях сооружён храм (арх. Н.И. Финисов). В 1888 г. был построен южный придел свт. Николая по проекту арх. Н.А. Воскресенского. В 1921 г. храм закрыли, богадельню преобразовали в Дом матери и ребёнка. В последующие годы здесь находилась поликлиника и аллергоцентр Детской инфекционной больницы №12. В феврале 2000 г. здание передано Церкви. При храме создан Московский центр Международного содружества православной молодёжи «Синдесмос».
Из книги «МОСКВА ЗЛАТОГЛАВАЯ». Монастыри, храмы, святыни. Путеводитель. Москва УКИНО «Духовное преображение». 2007
В 2015-2018 г.г. по Программе предоставления субсидий из бюджета города Москвы в храме производились реставрационные работы. Началась реставрация в 2015 г., тогда были выполнены работы по гидроизоляции фундаментов храма и открытию приямков. Дело в том, что в подвале храма долгие годы стояла вода. Но благодаря Программе этот вопрос был, наконец, решен.
В 2016 г. проведена реставрация белокаменного и кирпичного цоколей; окрытие приямков; реставрация белокаменного и кирпичного подкровельных карнизов; ремонт и реставрация крыши, барабанов; устройство системы водостока и молниезащиты.
В 2017 г.: реставрация фасадов, воссоздание оконных и дверных дубовых столярных заполнений и наличников, устройство входных групп с воссозданием утраченных металлических деталей.
В 2018 г. все реставрационные работы были завершены. Непосредственно в 2018 г. велась реставрация интерьеров, включая устройство новых каменных полов, реставрация подвала, производилось устройство пандуса.
http://www.fedmp.ru