Точная датировка здания неясна. Согласно публикации на сайте Агентства по охране культурного наследия Аджарии, церковь построена в 19 веке, при этом не уточняется, до или после присоединения Батуми к Российской империи. Здание, как сообщается, сохраняло церковную функцию до 1920-х годов, в советский период было приспособлено под спортзал, в наши дни вернулось в ведение Грузинской православной церкви, а в 2017 г. было отреставрировано. В пользу дореволюционной датировки церкви свидетельствует её свободное расположение на обособленном участке и выдержанная ориентация с алтарём на восток. Внутреннее убранство церкви новое. В наши дни на некоторых картах церковь подписана как армянско-католическая, однако это очевидная ошибка, обусловленная близостью к армянско-католическому собору, расположенному на той же улице Константина Гамсахурдия. Табличка на воротах церкви Феодора Аджарского однозначно свидетельствует о принадлежности к Грузинской православной церкви.
