Закладка собора была совершена в сентябре 1860 года. Для этого разобран был старый собор начала XVI века — небольшой одноглавый во имя Усекновения главы Иоанна Предтечи. Освящен собор 20 сентября 1879 года. В 1926 году собор передан губернскому архиву, позднее ЦГАМО (Центральный государственный архив Московской области). Первое богослужение состоялось в начале 2002 года.
Церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи в Ивановском женском монастыре, что на Кулишках, под Бором.
На время основания этого монастыря указывают следующие обстоятельства: в 1525 г. значатся выданные сюда панихидные деньги «по великом князе Василье во иноцех Варламе»; престольный праздник приходится на день тезоименитства Иоанна IV; древняя монастырская церковь, разобранная в 1860 г., была похожа: на церковь Вознесения в Коломенском 1532 г. по крестообразному плану, на церковь Николы Мясницкого по фронтонам, на церковь Никитского монастыря по главе. Следовательно, монастырь основан в 30-х гг. XVI в. великим князем Василием III или его вдовой великой княгиней Еленой Глинской по случаю рождения их сына.
Определенно монастырь упоминается впервые в ладанной книге 1585 г., где под 24 августа значится: «дано к празднику к Ивану Предтечи под Бор, что у Володимира в Садах, 5 гривенок ладану». В 1610 г. в Ивановском монастыре пребывала царица Мария Петровна (Шуйская). В 1620 г. здесь скончалась вдова царевича Иоанна Иоанновича Пелагея (Прасковья) Михайловна. При церкви издревле был придел Николая чудотворца.
В 1701 г. на воротах была построена В. С. Нарбековым церковь Казанской Божией Матери. После 1812 г. монастырь был упразднен. В 1816 г. при Ивановском храме устроен придел Казанской Божией Матери, вместо упраздненной надвратной церкви.
Скончавшаяся в 1858 г. Е.А. Макарова-Зубачева оставила средства на восстановление монастыря; душеприказчицей была М.А. Мазурина. Все прежние строения разобраны, новые построены по проекту М.Д. Быковского. 4 октября 1879 г. освящена больничная церковь преп. Елизаветы, 19-го того же месяца освящен главный престол, 21 числа – приделы прежних наименований в большом храме.
Александровский М.И. «Указатель древних церквей в местности Ивановского сорока». Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, дом 14, 1917 г.