Храм во имя Трех Святителей Вселенских Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого расположен в одном из красивейших уголков Белого города, на Кулишках. Так называли невырубленные участки леса, покрывавшего в древности высокий водораздельный холм между Москвой-рекой и Яузой. Особую живость рельефу придавала пересекавшая холм речка Рачка, ныне спрятанная в трубу. Склоны холма занимали великокняжеские сады, рядом с которыми находились государевы конюшни. На конном дворе была поставлена деревянная церковь во имя Флора и Лавра — святых мучеников, почитаемых в народе покровителями лошадей. Историки полагают, что по этому храму получили свое название Фроловские ворота Кремля (впоследствии Спасские). В начале XV века «в садех» была построена великокняжеская загородная резиденция с храмом Святого Владимира, а около конюшен разместился загородный митрополичий двор. К церкви Флора и Лавра пристроили домовый митрополичий храм во имя Трех Святителей Вселенских. В XVI веке юго-восточная часть Белого города активно заселялась. Великокняжескую усадьбу перенесли в село Покровское. Церкви в бывших резиденциях стали приходскими, и при них образовались погосты. Сложилась сеть улиц и переулков, сохранившаяся до наших дней. Основанный на Кулишках монастырь во имя Рождества Иоанна Предтечи дал название холму — Ивановская горка. Из прихожан храма Трех Святителей XVII века известны мастера-ремесленники, подьячие государевых приказов и представители знати: Шуйские, Акинфовы, Глебовы.
В 1670-1674 гг. на средства состоятельных прихожан был выстроен новый каменный двухэтажный храм с редким для Москвы архитектурным приемом — постановкой колокольни на углу. В нижнем этаже расположены теплые приделы — Трехсвятительский с юга и Флоролаврский с севера. Наверху был устроен холодный летний храм во имя Святой Живоначальной Троицы. Высокая одноглавая церковь увенчала Ивановскую горку. Фасады ее были украшены узорными наличниками и порталами, высокие крыльца поднимались на верхний этаж, стоящие в ряд алтари теплых приделов завершались крытыми лемехом главами. На стенах храма сохранились белокаменные плиты с надписями над захоронениями XVII — начала XVIII веков. Здесь похоронены Акинфовы, Владыкины, Паюсовы, священник Филипп.
Придел Флора и Лавра весь помещался в малой северной апсиде, был изолирован от других частей храма и имел отдельный входе улицы. Здесь находился домовый храм М.И. Глебова, имевшего усадьбу напротив погоста. Его сын и внук Л.М. и П.Л. Глебовы поддерживали этот храм и содержали особый причт для служения в нем ежедневных литургий с поминовением предков. Глебовы жили в Малом Трехсвятительском переулке до середины 1830 годов, продолжая заботиться о приделе и после упразднения домового храма.
Во второй половине XVIII века из богатых прихожан вблизи Трехсвятительской церкви жили графы Толстые, граф Остерман, князья Волконские, Мельгуновы, Лопухины. На их средства в 1770-х гг. церковь перестраивалась. Разобрали древнюю шатровую колокольню на углу и построили новую с запада. Было сбито убранство фасадов XVII века, а в четверике протесан дополнительный ряд окон. Храм приобрел классицистический облик. В 1771 г. холерном году упразднили приходское кладбище. 1812-й г. принес жителям Ивановской горки немало бедствий. В приходе храма Трех Святителей сгорело 10 дворов. На самом храме пострадала только кровля, но он был разграблен, престолы разрушены, святые антиминсы увезены. Первым вновь освятили в 1813 г. придел Трех Святителей, но из-за малочисленности прихода церковь была приписана к храму Иоанну Предтечи, сохранившемуся от упраздненного Ивановского монастыря. В описи церковного имущества 1813 г. упоминается стоявшая в Трехсвятительском приделе местночтимая святыня — икона Божией Матери «Прозрение очес». В 1815 г. прихожане, усадьбы которых уцелели, по подписке собрали средства на восстановление Флоролаврского и Троицкого приделов, освященных в 1817 и 1818 гг. Церковное начальство возвратило храму самостоятельность. Здание вновь перестраивалось, получив новый, на сей раз ампирный декор фасадов, а территория его была обнесена оградой на каменных столбах.
В приходе храма жил известный московский архитектор Ф. К. Соколов, который, несомненно, участвовал в обновлении здания. Имел отношение к Трехсвятительской церкви и знаменитый зодчий А.Г. Григорьев, спроектировавший при ней еще один придел, который так и не был построен. В середине XIX века поменялся состав прихода. Усадьбы разорившихся дворян приобрели купцы-промышленники. Здесь поселились Кирьяковы, Усковы, Карзинкины, Морозовы, Крестовниковы. Богатые прихожане способствовали процветанию храма. Особую роль в жизни Трехсвятительского прихода сыграли Андрей Сидорович, Александр Андреевич и Андрей Александрович Карзинкины, более ста лет бывшие старостами храма. Староста же церковный в те времена финансировал все строительные и ремонтные работы.
В 1858 г. по проекту архитектора Д.А. Корицкого был перестроен верхний ярус колокольни, которая теперь стала шатровой. В 1884 г. крыльцо с лестницей в верхний храм перенесли с северной стороны на южную. Тогда же была разобрана ампирная ограда и построена новая, в художественном отношении уступавшая старой (архитектор В.А. Гамбурцев).
На церковной земле стоял большой каменный дом причта, строившийся в несколько этапов с 1820 по 1896 гг., а также деревянный дом и сарай. Храм дал название двум переулкам — Большому и Малому Трехсвятительским. С церковью соседствовали не только особняки горожан, но и Мясницкая полицейская часть, а также печально известный Хитров рынок, с его ночлежками и притонами.
Храм Трех Святителей окормлял всех: и респектабельных купцов, и жильцов шикарных доходных домов Карзинкиных, и городовых из полицейской части, и потерявших человеческий облик «хитрованцев». Известны имена большинства священнослужителей и псаломщиков Трехсвятительского храма от XVII века до 1920-х гг.: это и бесфамильный причт древности, и церковники конца XVIII-XIX веков, биографии которых более или менее известны, и последние клирики храма с длинными послужными списками.
Последний священник Трехсвятительского храма Василий Степанович Пятикрестовский служил здесь с 1893 г., был духовником благочиния, возведен в сан протоиерея в 1910 г. На него легла тяжкая обязанность передать церковь представителям советской власти, пришедшим ее закрыть. После 1917 г. Мясницкая полицейская часть была преобразована в тюрьму, рядом в Ивановском монастыре устроен концентрационный лагерь. Здание храма Трех Святителей с его толстыми стенами весьма подходило тюремщикам под склад и мастерские. В 1927 г. администрация Мясницкой тюрьмы стала требовать закрытия храма. Отец Василий Пятикрестовский и староста А. А. Карзинкин собрали 4000 подписей в защиту церкви, но это не помогло. Из закрытого храма вывезли утварь и иконы, разобрали иконостасы. Оказались ли особо ценные иконы в музеях, разошлось ли что-нибудь по другим храмам, осталось невыясненным. Так исчезла местночтимая икона Богоматери «Прозрение очес».
Приспособленный под тюремные нужды храм был обезглавлен, снесли также и шатер колокольни. В 1930-е гг. церковная территория поступила в ведение НКВД, построившего здесь больницу. В состав больницы вошел и каменный церковный дом, надстроенный 4-м этажом. В здании храма предполагалось устроить общежитие для персонала, и его разгородили на множество клетушек. Однако медикам нашли другое жилье, а церковь была превращена в обычную коммуналку. В 1950-е гг. разрушили ограду. В середине 1960-х гг. здание было освобождено от жильцов, использовалось под нужды разных контор. Всесоюзное общество охраны памятников начало его реставрацию. Архитектор-реставратор А. И. Окунев выбрал путь максимального воссоздания первоначального облика храма. Восстановлена колокольня на углу, главы, декор фасадов XVII века. О поздних перестройках напоминает только вторая колокольня, сохранившаяся без завершения. В 1987 г. здание заняла мультипликационная студия «Пилот».
В 1991 г. сформировалась православная община во главе с протоиереем Владиславом Свешниковым, желающая вновь открыть храм. 30 июня 1992 г. вышло постановление Правительства Москвы о передаче храма верующим. Но еще четыре года прихожане вымаливали свой храм, одновременно подыскивая мультипликаторам новое пристанище. И только 6 июля 1996 г. в день празднования Владимирской иконы Божией Матери в верхнем храме во имя Живоначальной Троицы была отслужена первая Литургия.
За прошедшие с этого времени годы поруганный храм преобразился, но работы по его благоукрашению, проводящиеся в основном силами самой общины, длятся до сих пор. В 1997 г. в верхнем Троицком храме побелены стены, устроена солея, из ступеней белокаменной лестницы московского дома. В 1998 г. сделан новый пол из керамической плитки. В 1999 г. на колокольню подняты колокола, поставлены филенчатые двери, лестница украшена резным парапетом, возведена ограда. К 2006 г. храм был перекрашен, заменена часть крыши, поставлены резные окна, готовятся к освящению нижние приделы. Заканчивается устройство иконостаса верхнего Троицкого храма (мастерская иконописца А.А. Лавданского), решенного в византийском стиле. 2 мая 2003 г. была отслужена первая Божественная Литургия в нижнем храме, в возрождаемом приделе Трёх Святителей Вселенских.
Информация с сайта храма http://www.trisvyat.orthodoxy.ru/hist1.php
Церковь Трех Святителей, что на Кулишках
В Ружной книге 1681 г. эта церковь названа по другому престолу: Святых мучеников Флора и Лавра, что у старых конюшен. При пожаре 1547 г. значится погоревшим «Фрол Святый у конюшен». В переписи 1620 г. упоминается в этой местности «Трехсвятцкий переулок». В Строельной книге 1657 г. церковь показана деревянной.
Сооружение каменной церкви относится к 70-м гг. XVII в., придел Флора и Лавра построен 21 августа 1670 г., а главная верхняя церковь Живоначальной Троицы одновременно с приделом Трех Святителей построена 1 мая 1674 г., а освящена 3 сентября этого же года.
Во внутреннем убранстве почти ничего не осталось древнего, а снаружи обновления были незначительны. Более всего заметны новая форма главы и новый вход в верхнюю церковь.
Александровский М.И. «Указатель древних церквей в местности Ивановского сорока». Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, дом 14, 1917 г.